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タイトルEvolutionary compaction and adaptation visualized by the structure of the dormant microsporidian ribosome.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 4, Issue 11, Page 1798-1804, Year 2019
掲載日2019年7月22日
著者Jonas Barandun / Mirjam Hunziker / Charles R Vossbrinck / Sebastian Klinge /
PubMed 要旨Microsporidia are eukaryotic parasites that infect essentially all animal species, including many of agricultural importance, and are significant opportunistic parasites of humans. They are ...Microsporidia are eukaryotic parasites that infect essentially all animal species, including many of agricultural importance, and are significant opportunistic parasites of humans. They are characterized by having a specialized infection apparatus, an obligate intracellular lifestyle, rudimentary mitochondria and the smallest known eukaryotic genomes. Extreme genome compaction led to minimal gene sizes affecting even conserved ancient complexes such as the ribosome. In the present study, the cryo-electron microscopy structure of the ribosome from the microsporidium Vairimorpha necatrix is presented, which illustrates how genome compaction has resulted in the smallest known eukaryotic cytoplasmic ribosome. Selection pressure led to the loss of two ribosomal proteins and removal of essentially all eukaryote-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, reducing the rRNA to a functionally conserved core. The structure highlights how one microsporidia-specific and several repurposed existing ribosomal proteins compensate for the extensive rRNA reduction. The microsporidian ribosome is kept in an inactive state by two previously uncharacterized dormancy factors that specifically target the functionally important E-site, P-site and polypeptide exit tunnel. The present study illustrates the distinct effects of evolutionary pressure on RNA and protein-coding genes, provides a mechanism for ribosome inhibition and can serve as a structural basis for the development of inhibitors against microsporidian parasites.
リンクNat Microbiol / PubMed:31332387 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-4931:
Cryo-EM structure of the microsporidian ribosome: Multibody-refined map body 1 (LSU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-4932:
Cryo-EM structure of the microsporidian ribosome: Multibody-refined map body 2 (SSU-body)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-4933:
Cryo-EM structure of the microsporidian ribosome: Multibody-refined map body 3 (SSU-head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

EMDB-4934:
Cryo-EM structure of the microsporidian ribosome: State 1, Multibody-refined map body 3 (SSU-head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4935

6rm3

EMDB-4935, PDB-6rm3:
Evolutionary compaction and adaptation visualized by the structure of the dormant microsporidian ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • vairimorpha necatrix (菌類)
キーワードRIBOSOME / Microsporidia / Intracellular Parasite

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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