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Structure paper

タイトルStructural basis for plasticity in receptor engagement by an encephalitic alphavirus.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 11, Page 2943-2956.e24, Year 2025
掲載日2025年5月29日
著者Saravanan Raju / Sathvik Palakurty / Alan Sariol / Ngan Wagoner / Lucas J Adams / Sean Hui / William B Klimstra / Daved H Fremont / Michael S Diamond /
PubMed 要旨The structural basis for shifts in receptor usage remains poorly understood despite the implications for virus adaptation and emergence. Western equine encephalitis virus (WEEV) strains exhibit ...The structural basis for shifts in receptor usage remains poorly understood despite the implications for virus adaptation and emergence. Western equine encephalitis virus (WEEV) strains exhibit different patterns of engagement for two of their entry receptors: very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) and protocadherin 10 (PCDH10). Using structural and functional studies, we show that while all WEEV strains have a lipoprotein class A (LA) domain binding site near the E1 fusion loop, VLDLR engagement requires a second binding site in E2 that can vary with single nucleotide substitutions. We also resolve a structure of PCDH10 bound to WEEV, which reveals interactions near the E1 fusion loop with residues that also mediate LA domain binding. Evolutionary analysis enabled the generation of a PCDH10 decoy that protects in vivo against all WEEV strains tested. Our experiments demonstrate how viruses can engage multiple receptors using shared determinants, which likely impacts cellular tropism and virulence.
リンクCell / PubMed:40187344
手法EM (単粒子)
解像度3.06 - 4.51 Å
構造データ

47775

9e96

EMDB-47775, PDB-9e96:
WEEV CBA87 VLP in complex with human PCDH10-EC1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.05 Å

47821

9e9y

EMDB-47821, PDB-9e9y:
WEEV McMillan VLP in complex with VLDLR LA(1-2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

47822

9e9z

EMDB-47822, PDB-9e9z:
SINV-WEEV Fleming in complex with VLDLR LA(1-2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

47846

9eau

EMDB-47846, PDB-9eau:
RRV DKTA VLP in complex with VLDLR-LBD-Fc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-49104: WEEV McMillan VLP in complex with VLDLR-LBD-Fc ASU
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.51 Å

EMDB-49105: WEEV McMillan VLP Apo
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

EMDB-49106: SINV-WEEV Fleming in complex with VLDLR-LBD-Fc ASU
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • ross river virus (strain t48) (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Alphavirus Receptor / VIRUS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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