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Structure paper

タイトルStructures of MmpL complexes reveal the assembly and mechanism of this family of transporters.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 33, Page eadx1129, Year 2025
掲載日2025年8月15日
著者Zhemin Zhang / Rakesh Maharjan / William D Gregor / Philip A Klenotic / Edward W Yu /
PubMed 要旨We coexpressed the mycobacterial membrane protein large 5 (MmpL5) transporter and MmpS5 adaptor proteins in and defined their structures from detergent-solubilized crude membranes. We observed that ...We coexpressed the mycobacterial membrane protein large 5 (MmpL5) transporter and MmpS5 adaptor proteins in and defined their structures from detergent-solubilized crude membranes. We observed that MmpL5 presents as a monomer in complex with the cytosolic meromycolate extension acyl carrier protein M (AcpM), where these AcpM-MmpL5 complexes generate regular two-dimensional arrays. We also provide structural information to show that MmpL5 assembles as a trimer that interacts with MmpS5 and AcpM to form the tripartite complex AcpM-MmpL5-MmpS5 that spans both the inner and outer membranes of the mycobacterium. In addition, we found that MmpL5 and AcpM are able to form the trimeric AcpM-MmpL5 complex. The structural data reveal that the full-length MmpL5 trimer is capable of spanning the entire mycobacterial cell envelope to transport substrates. However, this assembly requires the presence of MmpS5 to stabilize secondary structural features of the MmpL5 periplasmic subdomains.
リンクSci Adv / PubMed:40802754 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.81 - 3.67 Å
構造データ

48675

9mvz

EMDB-48675, PDB-9mvz:
Tripartite complex of MmpL5-S5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

48676

9mw0

EMDB-48676, PDB-9mw0:
Bipartite complex of MmpL5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

EMDB-48701: Local refinement map of MmpL5-AcpM cluster part 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-48702: Local refinement map of MmpL5-AcpM cluster part 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-48703: The consensus map of MmpL5-AcpM cluster
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-48704: Local refinement map of MmpL5-AcpM cluster part 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

48706

9mx0

EMDB-48706, PDB-9mx0:
Cluster of bipartite complex of MmpL5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

化合物

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE

由来
  • mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MmpL5 / MmpS5 / AcpM / Tripartite complex / Mycolicibacterium smegmatis / bipartite complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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