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万見
- EMDB-48706: Cluster of bipartite complex of MmpL5-AcpM from Mycolicibacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48706
タイトルCluster of bipartite complex of MmpL5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
マップデータ
試料
  • 複合体: MmpL5-AcpM
    • タンパク質・ペプチド: Meromycolate extension acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: MmpL5 protein
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
キーワードMycolicibacterium smegmatis / MmpL5 / AcpM / membrane protein / bipartite complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Membrane transport protein MmpL family / : / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MmpL5 protein / Meromycolate extension acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Zhang Z / Maharjan R / Gregor W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cluster of bipartite complex of MmpL5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
著者: Zhang Z / Maharjan R / Gregor W
履歴
登録2025年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48706.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428. Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428. Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.08033951 - 0.619749
平均 (標準偏差)0.0049597053 (±0.017932262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 428.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MmpL5-AcpM

全体名称: MmpL5-AcpM
要素
  • 複合体: MmpL5-AcpM
    • タンパク質・ペプチド: Meromycolate extension acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: MmpL5 protein
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

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超分子 #1: MmpL5-AcpM

超分子名称: MmpL5-AcpM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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分子 #1: Meromycolate extension acyl carrier protein

分子名称: Meromycolate extension acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 10.743876 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列:
MAATQEEIIA GLAEIIEEVT GIEPSEVTPE KSFVDDLDID SLSMVEIAVQ TEDKYGVKIP DEDLAGLRTV GDVVAYIQKL EEENPEAAA ALREKFAADQ

UniProtKB: Meromycolate extension acyl carrier protein

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分子 #2: MmpL5 protein

分子名称: MmpL5 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 105.598219 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MSAPTDDTPT DAIAAPRHSA PPRPRLPWFL RTFAVPIILA WVAVVAILNT VVPTLDEVGE MRAVSMAPND APSTLAIKRV GQVFEEYDT SSSVMIVLEG EEPLGIEAHA FYDKMVADLR ADTEHVQHVQ DFWGDTLTAS GAQSVDGKAA YVQVYIAGDQ G ESLANESV ...文字列:
MSAPTDDTPT DAIAAPRHSA PPRPRLPWFL RTFAVPIILA WVAVVAILNT VVPTLDEVGE MRAVSMAPND APSTLAIKRV GQVFEEYDT SSSVMIVLEG EEPLGIEAHA FYDKMVADLR ADTEHVQHVQ DFWGDTLTAS GAQSVDGKAA YVQVYIAGDQ G ESLANESV EAVRKIATER ETPSGVKAYV TGAAATSADQ RAEGDASMKL IEGVTFAVIT VMLLAVYRSV ITTLIVLAMV VL GLSGARG IVAFLGFYNV FGLTTFATNM VVTLAIAAAT DYAIFLIGRY QEARRAGEDR ESAYYTMFHG TAHVVLASGL TIA GATLCL HFTRLPYFQT MGVPLAIGML IVVAAALTAG PAVISVVSRF GKTLEPKRFS RSPGWHRVGT ATVRWPGAIL VCAV VAALI GLLALPGYYT TYDDRRYLPD DVPANVGYDA AFRHFSQAKM NPDLMMVETD RDLRNPADFL VIDKIAKALK NVHGI AQVQ TITRPDGDPI EHSTIPYTIG QSGTTQIMNN DYMQTNLDNL LKQADDLQTS IDSMTEMMNI QTELAAVSQS MADKMA QTS DDTADVRDHL ADFDDFFRPI RNYLYWEPHC YDIPMCWSMR SIFESIDGIN TMSDDFQELV PEMRRMADLM PRMVAVM PA QIQSMKNQKQ TLLNQYQVQK AQQDQNMAMQ ENATAMSQAF DAAKNDDSFY LPPEAFETDD FQRGMKLFMS PDGHAVRF T IIHQGDPLTE EGTARMDELK VAAADAIKGT PFEGARIYLG GSAATYNDMQ IGADYDLIIV AASALILIFI IMMVLTRAV VAAAVIVGTV VLSLASAFGL SVLLWQHIVG IPLHWMVLPM SVIVLLAVGA DYNLLLVSRM KEEIHAGIRT GIIRAMVGTG AVVTAAGLV FAFTMASMAV SSLITIGQVG TTIGLGLLFD TLVVRSLMTP SIATLLGRWF WWPQRVRERP VPSKWPTPIQ R TPEEALS

UniProtKB: MmpL5 protein

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分子 #3: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

分子名称: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: PNS
分子量理論値: 358.348 Da
Chemical component information

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96036
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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