[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルA ternary complex of MIPs in the A-tubule of basal bodies and axonemes depends on RIB22 and the EF-hand domain of RIB72A in cilia.
ジャーナル・号・ページMol Biol Cell, Vol. 36, Issue 4, Page br13, Year 2025
掲載日2025年4月1日
著者Rachel A Howard-Till / Sam Li / Usha Pallabi Kar / Christopher N Fuentes / Amy S Fabritius / Mark Winey /
PubMed 要旨The lumens of the highly stable microtubules that make up the core of basal bodies, cilia, and flagella are coated with a network of proteins known as MIPs, or microtubule inner proteins. MIPs are ...The lumens of the highly stable microtubules that make up the core of basal bodies, cilia, and flagella are coated with a network of proteins known as MIPs, or microtubule inner proteins. MIPs are hypothesized to enhance the rigidity and stability of these microtubules, but how they assemble and contribute to cilia function is poorly understood. Here we describe a ciliate specific MIP, RIB22, in . RIB22 is a calmodulin-like protein found in the A-tubule of doublet and triplet microtubules in cilia and basal bodies. Its localization is dependent on the conserved MIP RIB72. Here we use cryogenic electron tomography (cryoET) to examine RIB22 and its interacting partners in axonemes and basal bodies. RIB22 forms a ternary complex with the C-terminal EF-hand domain of RIB72A and another MIP, FAM166A. strains lacking RIB22 or the EF-hand domain of RIB72A showed impaired cilia function. CryoET on axonemes from these strains demonstrated an interdependence of the three proteins for stabilization within the structure. Deletion of the RIB72A EF-hand domain resulted in the apparent loss of multiple MIPs in the region. These findings emphasize the intricacy of the MIP network and the importance of understanding MIPs' functions during cilium assembly and regulation.
リンクMol Biol Cell / PubMed:39937672 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度6.24 - 12.7 Å
構造データ

EMDB-48292: Structure of axonemal DMT from wildtype Tetrahymena thermophila, centered on the A-tubule RIB22 in 16nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.24 Å

EMDB-48293: Structure of axonemal DMT from Tetrahymena thermophila RIB22KO mutant, centered on the A-tubule RIB72A/B in 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.64 Å

EMDB-48294: Structure of axonemal DMT from Tetrahymena thermophila RIB72A/Delta_EF-hand mutant, centered on the A-tubule RIB72A/B in 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.19 Å

EMDB-48295: Structure of axonemal DMT from Tetrahymena thermophila wildtype, centered on the A-tubule RIB22 in 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.67 Å

EMDB-48296: Structure of axonemal DMT from Tetrahymena thermophila RIB72A/Delta_EF-hand mutant, centered on the A-tubule RIB72A/B in 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.57 Å

EMDB-48297: Structure of triplet MT from the proximal region of the basal body isolated from the wildtype of Tetrahymena thermophila, centered on the A-tubule RIB22 in 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.7 Å

EMDB-48298: Structure of triplet MT from the core region of basal body isolated from the wildtype of Tetrahymena thermophila, centered on the A-tubule RIB22 in 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.19 Å

EMDB-48299: Structure of triplet MT from the core region of basal body isolated from the wildtype of Tetrahymena thermophila, centered on the A-tubule RIB22 in 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.28 Å

由来
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る