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タイトルStructural pathway for class III PI 3-kinase activation by the myristoylated GTPbinding pseudokinase VPS15
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2024年12月9日 (構造データの登録日)
著者Cook ASI / Chen M / Ngyuen TN / Claveras-Cabezudo A / Khuu G / Rao S / Garcia SN / Yang M / Iavarone AT / Ren X ...Cook ASI / Chen M / Ngyuen TN / Claveras-Cabezudo A / Khuu G / Rao S / Garcia SN / Yang M / Iavarone AT / Ren X / Lazarou M / Hummer G / Hurley JH
リンクPubMedで検索
手法EM (単粒子)
解像度2.62 - 7.0 Å
構造データ

EMDB-48230: PI3KC3-C1 bound to RAB1A, no VPS34 Kinase domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

EMDB-48231: Local Refinement of VPS15 pseudokinase domain and helical repeats
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

EMDB-48232: PI3KC3-C1 Bound to RAB1A local refinement of RAB1A/VPS34 interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

EMDB-48233: PI3KC3-C1 bound to RAB1A. Local refinement of Bara like domains of BECN1 and ATG14, and VPS15 WD40 domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

EMDB-48257: PI3KC3-C1 bound to RAB1A in the inactive state. Consensus refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-48258: PI3KC3C1 bound to RAB1A, Inactive state, VPS34 kinase domain local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-48259: PI3KC3-C1 bound to RAB1A. Consensus inactive state refinement of particle subset with strongest kinase domain density
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-48260: PI3KC3-C1 bound to RAB1A. Local refinement of VPS34KD in the inactive state, particle subset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-48272: PI3KC3-C1 bound to RAB1A. VPS34 kinase domain in the active conformation, consensus reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-48273: PI3KC3-C1 bound to RAB1A, VPS34 in active state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

48276

9mhf

EMDB-48276, PDB-9mhf:
Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

48277

9mhg

EMDB-48277, PDB-9mhg:
Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

48278

9mhh

EMDB-48278, PDB-9mhh:
PI3KC3-C1 in complex with RAB1A. VPS34 kinase domain active conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / GTPase / GTP-binding / Autophagy / Kinase / Lipid Kinase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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