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タイトルStructural basis for CCR6 modulation by allosteric antagonists.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 7574, Year 2024
掲載日2024年8月31日
著者David Jonathan Wasilko / Brian S Gerstenberger / Kathleen A Farley / Wei Li / Jennifer Alley / Mark E Schnute / Ray J Unwalla / Jorge Victorino / Kimberly K Crouse / Ru Ding / Parag V Sahasrabudhe / Fabien Vincent / Richard K Frisbie / Alpay Dermenci / Andrew Flick / Chulho Choi / Gary Chinigo / James J Mousseau / John I Trujillo / Philippe Nuhant / Prolay Mondal / Vincent Lombardo / Daniel Lamb / Barbara J Hogan / Gurdeep Singh Minhas / Elena Segala / Christine Oswald / Ian W Windsor / Seungil Han / Mathieu Rappas / Robert M Cooke / Matthew F Calabrese / Gabriel Berstein / Atli Thorarensen / Huixian Wu /
PubMed 要旨The CC chemokine receptor 6 (CCR6) is a potential target for chronic inflammatory diseases. Previously, we reported an active CCR6 structure in complex with its cognate chemokine CCL20, revealing the ...The CC chemokine receptor 6 (CCR6) is a potential target for chronic inflammatory diseases. Previously, we reported an active CCR6 structure in complex with its cognate chemokine CCL20, revealing the molecular basis of CCR6 activation. Here, we present two inactive CCR6 structures in ternary complexes with different allosteric antagonists, CCR6/SQA1/OXM1 and CCR6/SQA1/OXM2. The oxomorpholine analogues, OXM1 and OXM2 are highly selective CCR6 antagonists which bind to an extracellular pocket and disrupt the receptor activation network. An energetically favoured U-shaped conformation in solution that resembles the bound form is observed for the active analogues. SQA1 is a squaramide derivative with close-in analogues reported as antagonists of chemokine receptors including CCR6. SQA1 binds to an intracellular pocket which overlaps with the G protein site, stabilizing a closed pocket that is a hallmark of inactive GPCRs. Minimal communication between the two allosteric pockets is observed, in contrast to the prevalent allosteric cooperativity model of GPCRs. This work highlights the versatility of GPCR antagonism by small molecules, complementing previous knowledge of CCR6 activation, and sheds light on drug discovery targeting CCR6.
リンクNat Commun / PubMed:39217154 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.02 - 3.26 Å
構造データ

46533

9d3e

EMDB-46533, PDB-9d3e:
Cryo-EM structure of CCR6 bound by SQA1 and OXM2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

46534

9d3g

EMDB-46534, PDB-9d3g:
Cryo-EM structure of CCR6 bound by SQA1 and OXM1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-EBX:
4-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[(1~{R})-1-(4-propan-2-ylfuran-2-yl)propyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N},~{N}-dimethyl-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide

PDB-1a1w:
FADD DEATH EFFECTOR DOMAIN, F25Y MUTANT, NMR MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1a2a:
AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Antagonist / CCR6 / BRIL

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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