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タイトルOptimizing a human monoclonal antibody for better neutralization of SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6195, Year 2025
掲載日2025年7月4日
著者Qian Wang / Yicheng Guo / Ryan G Casner / Jian Yu / Manoj S Nair / Jerren Ho / Eswar R Reddem / Ian A Mellis / Madeline Wu / Chih-Chen Tzang / Hsiang Hong / Yaoxing Huang / Lawrence Shapiro / Lihong Liu / David D Ho /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 has largely evolved to resist antibody pressure, with each successive viral variant becoming more and more resistant to serum antibodies in the population. This evolution renders all ...SARS-CoV-2 has largely evolved to resist antibody pressure, with each successive viral variant becoming more and more resistant to serum antibodies in the population. This evolution renders all previously authorized anti-spike therapeutic monoclonal antibodies inactive, and it threatens the remaining pipelines against COVID-19. We report herein the isolation of a human monoclonal antibody with a broad but incomplete SARS-CoV-2 neutralization profile, but structural analyses and mutational scanning lead to the engineering of variants that result in greater antibody flexibility while binding to the viral spike. Three such optimized monoclonal antibodies neutralize all SARS-CoV-2 strains tested with much improved potency and breadth, including against subvariants XEC and LP.8.1. The findings of this study not only present antibody candidates for clinical development against COVID-19, but also introduce an engineering approach to improve antibody activity via increasing conformational flexibility.
リンクNat Commun / PubMed:40615407 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.1 Å
構造データ

45543

9cfe

EMDB-45543, PDB-9cfe:
Cryo-EM Local Refinement of Antibody 19-77 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

45544

9cff

EMDB-45544, PDB-9cff:
Cryo-EM Refinement of Antibody 19-77 in complex with SARS-CoV-2 HK.3 RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

45545

9cfg

EMDB-45545, PDB-9cfg:
Cryo-EM Refinement of Antibody 19-77 R71V in complex with SARS-CoV-2 HK.3 RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

45546

9cfh

EMDB-45546, PDB-9cfh:
Cryo-EM Refinement of Antibody 19-77 R71V in complex with SARS-CoV-2 JD.1.1 RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-45548: Cryo-EM Refinement of Antibody 19-77 in complex with SARS-CoV-2 prefusion spike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing Antibody / Viral Fusion Protein / SARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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