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タイトルEpitope-focused discovery of SARS-CoV-2 antibodies that potently neutralize Omicron variants.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 11, Issue 4, Page 1113-1132, Year 2026
掲載日2026年3月12日
著者Seth J Zost / Naveenchandra Suryadevara / Lauren E Williamson / Suzanne M Scheaffer / Elad Binshtein / Cameron D Buchman / Nicole V Johnson / Nicholas J Catanzaro / Silvia Ravera / Nathaniel S Chapman / Luke Myers / Ajit R Ramamohan / Laura S Handal / Doan C Nguyen / Andrew Trivette / James R Martinez / Eduardo Villalobos / Stacey A Rutherford / F Eun-Hyung Lee / Alexandra Schäfer / Ralph S Baric / Jason S McLellan / Michael S Diamond / Robert H Carnahan / James E Crowe /
PubMed 要旨The emergence of SARS-CoV-2 Omicron variants has led to viral escape from many clinically approved monoclonal antibodies (mAbs) due to rapid evolution of the receptor-binding domain (RBD). Co- ...The emergence of SARS-CoV-2 Omicron variants has led to viral escape from many clinically approved monoclonal antibodies (mAbs) due to rapid evolution of the receptor-binding domain (RBD). Co-circulation of SARS-CoV-2 variants with unique sets of antigenic substitutions has further complicated therapeutic mAb discovery. New approaches are needed to rapidly discover and characterize mAbs with preferred specificity and functional characteristics. Here we describe and perform epitope-focused mAb discovery using glycan-masked antigens. We isolated and expressed a panel of 303 mAbs, some of which potently neutralize divergent Omicron subvariants by targeting the class 3 antigenic site on SARS-CoV-2 RBD. Epitope mapping of these antibodies revealed a spectrum of cross-reactivity and differential recognition of the class 3 site, validating the utility of this enrichment approach for targeted mAb discovery. Together, this work rationally designs glycan-masked engineered RBDs and uses them to isolate mAbs that potently neutralize antigenically divergent SARS-CoV-2 variants.
リンクNat Microbiol / PubMed:41820555 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.68 - 28.0 Å
構造データ

EMDB-43882: Negative stain EM map of SARS-COV-2 (XBB) spike protein in complex with Fab COV2-3872
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-43883: Negative stain EM map of SARS-COV-2 (XBB) spike protein in complex with Fab COV2-3889
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-43884: Negative stain EM map of SARS-COV-2 (BQ 1.1) spike protein in complex with Fab COV2-3891
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43885: Negative stain EM map of SARS-COV-2 (XBB) spike protein in complex with Fab COV2-3892
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43886: Negative stain EM map of SARS-COV-2 (XBB) spike protein in complex with Fab COV2-3906
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43887: Negative stain EM map of SARS-COV-2 (XBB) spike protein in complex with Fab COV2-3967
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-43888: Negative stain EM map of SARS-COV-2 (XBB) spike protein in complex with Fab COV2-4094
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-45286: Cryo EM map of SARS-COV-2 (BQ 1.1) spike protein in complex with Fab COV2-3891 (2 open 1 close)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

45287

9c7s

EMDB-45287, PDB-9c7s:
Cryo EM structure of SARS-COV-2 (BQ 1.1) RBD in complex with Fab COV2-3891 (local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

PDB-9c6y:
Crystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.68 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-A2G:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / coronavirus / antibody / fab / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL-PROTEIN / SARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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