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タイトルThe structure of Shigella virus Sf14 reveals the presence of two decoration proteins and two long tail fibers.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 222, Year 2025
掲載日2025年2月12日
著者Sundharraman Subramanian / Hailey R Kerns / Samantha G Braverman / Sarah M Doore /
PubMed 要旨Bacteriophage Sf14 infects the human pathogen Shigella flexneri. A previous low-resolution structure suggested the presence of a decoration protein on its T = 9 icosahedral capsid. Here, we ...Bacteriophage Sf14 infects the human pathogen Shigella flexneri. A previous low-resolution structure suggested the presence of a decoration protein on its T = 9 icosahedral capsid. Here, we determined high-resolution structures of the Sf14 capsid and neck, along with a moderate-resolution structure of the whole Sf14 tail and baseplate. These structures indicate the capsid has not one, but two different types of decoration proteins: a trimeric β-tulip lattice that covers the entire capsid and a set of Hoc-like proteins that bind preferentially to hexamers at the quasi-3-fold axes of symmetry. The neck also contains two sets of whiskers oriented in opposite directions, and the tail has two types of long tail fibers which may bind different receptors. Based on homology and phylogenetic analysis, Sf14 may be the product of multiple horizontal gene transfer events. The structures presented here can be used to investigate further hypotheses of phage structure-function relationships and structural diversity.
リンクCommun Biol / PubMed:39939755 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度3.1 - 4.1 Å
構造データ

45155

9c2d

EMDB-45155, PDB-9c2d:
Bacteriophage Sf14 Capsid Icosahedral reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

45162

9c39

EMDB-45162, PDB-9c39:
Bacteriophage Sf14 neck C6 reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

45163

9c3a

EMDB-45163, PDB-9c3a:
Bacteriophage Sf14 Capsid Empty Icosahedral reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

45164

9c3b

EMDB-45164, PDB-9c3b:
Structure of the Shigella flexneri bacteriophage Sf14 - tail helical
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-45168: Shigella flexneri bacteriophage Sf14 - tail
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-45169: Shigella flexneri bacteriophage Sf14 Tail Baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

由来
  • shigella phage sf14 (ファージ)
キーワードVIRUS / Sf14

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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