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タイトルStructural and genetic basis of HIV-1 envelope V2 apex recognition by rhesus broadly neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページJ Exp Med, Vol. 222, Issue 10, Year 2025
掲載日2025年10月6日
著者Ryan S Roark / Rumi Habib / Jason Gorman / Hui Li / Andrew Jesse Connell / Mattia Bonsignori / Yicheng Guo / Michael P Hogarty / Adam S Olia / Kirsten J Sowers / Baoshan Zhang / Frederic Bibollet-Ruche / Tatsiana Bylund / Sean Callaghan / John W Carey / Gabriele Cerutti / Darcy R Harris / Wanting He / Emily Lewis / Tracy Liu / Rosemarie D Mason / Yujie Qiao / Younghoon Park / Juliette M Rando / Ajay Singh / Jeremy J Wolff / Q Paula Lei / Mark K Louder / Raiees Andrabi / Nicole A Doria-Rose / Kevin O Saunders / Michael S Seaman / Barton F Haynes / Daniel W Kulp / John R Mascola / Mario Roederer / Theodore C Pierson / Zizhang Sheng / Beatrice H Hahn / George M Shaw / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies targeting the V2 apex of HIV-1 envelope are desired as vaccine design templates, but few have been described. Here, we report 11 lineages of V2 apex-neutralizing ...Broadly neutralizing antibodies targeting the V2 apex of HIV-1 envelope are desired as vaccine design templates, but few have been described. Here, we report 11 lineages of V2 apex-neutralizing antibodies from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected rhesus macaques and determine cryo-EM structures for 9. A single V2 apex-neutralizing lineage accounted for cross-clade breadth in most macaques, and somatic hypermutation relative to breadth was generally low, exemplified by antibody V033-a.01 with <5% nucleotide mutation and 37% breadth (208-strain panel). Envelope complex structures revealed eight different antibody classes (one multi-donor) and the complete repertoire of all five possible recognition topologies, recapitulating canonical human modes of apex insertion and C-strand hydrogen bonding. Despite this diversity in recognition, all rhesus-V2 apex antibodies were derived from reading frame two of the DH3-15*01 gene. Collectively, these results define-in rhesus-the structural and genetic basis of HIV-1 V2 apex recognition and demonstrate unprecedented structural plasticity of a highly selected immunogenetic element.
リンクJ Exp Med / PubMed:40824240 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.96 - 4.22 Å
構造データ

44728

9bnk

EMDB-44728, PDB-9bnk:
Cryo-EM structure of rhesus antibody V031-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

44729

9bnl

EMDB-44729, PDB-9bnl:
Cryo-EM structure of rhesus antibody 6070-a.01 in complex with HIV-1 Env trimer Q23.17 MD39
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

44730

9bnm

EMDB-44730, PDB-9bnm:
Cryo-EM structure of rhesus antibody 44715-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

44733

9bnp

EMDB-44733, PDB-9bnp:
Cryo-EM structure of rhesus antibody V033-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

44890

9bth

EMDB-44890, PDB-9bth:
Rhesus Fab 42056-a.01 in complex with CAP256SU.wk34 RnS SOSIP Env
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

44891

9bti

EMDB-44891, PDB-9bti:
Rhesus Fab 40591-a.01 in complex with T250.4 RnS SOSIP Env
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

44892

9btj

EMDB-44892, PDB-9btj:
Rhesus Fab 6561-a.01 in complex with HIV-1 Ce1176.A3 RnS SOSIP Env
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

44893

9btl

EMDB-44893, PDB-9btl:
Cryo-EM structure of rhesus antibody 41328-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

44897

9btv

EMDB-44897, PDB-9btv:
Cryo-EM structure of rhesus antibody T646-a.01 in complex with HIV-1 Env trimer Q23.17 MD39
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / HIV-1 V2 apex / SHIV-elicited / Viral protein / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / HIV-1 / SOSIP / Vaccine / V2-Apex / multi-donor / SHIV

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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