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Structure paper

タイトルStructural basis for antibiotic transport and inhibition in PepT2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8755, Year 2024
掲載日2024年10月9日
著者Joanne L Parker / Justin C Deme / Simon M Lichtinger / Gabriel Kuteyi / Philip C Biggin / Susan M Lea / Simon Newstead /
PubMed 要旨The uptake and elimination of beta-lactam antibiotics in the human body are facilitated by the proton-coupled peptide transporters PepT1 (SLC15A1) and PepT2 (SLC15A2). The mechanism by which SLC15 ...The uptake and elimination of beta-lactam antibiotics in the human body are facilitated by the proton-coupled peptide transporters PepT1 (SLC15A1) and PepT2 (SLC15A2). The mechanism by which SLC15 family transporters recognize and discriminate between different drug classes and dietary peptides remains unclear, hampering efforts to improve antibiotic pharmacokinetics through targeted drug design and delivery. Here, we present cryo-EM structures of the proton-coupled peptide transporter, PepT2 from Rattus norvegicus, in complex with the widely used beta-lactam antibiotics cefadroxil, amoxicillin and cloxacillin. Our structures, combined with pharmacophore mapping, molecular dynamics simulations and biochemical assays, establish the mechanism of beta-lactam antibiotic recognition and the important role of protonation in drug binding and transport.
リンクNat Commun / PubMed:39384780 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

44599

9bir

EMDB-44599, PDB-9bir:
Cryo-EM structure of the mammalian peptide transporter PepT2 bound to cefadroxil
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

44600

9bis

EMDB-44600, PDB-9bis:
Cryo-EM structure of the mammalian peptide transporter PepT2 bound to amoxicillin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

44601

9bit

EMDB-44601, PDB-9bit:
Cryo-EM structure of the mammalian peptide transporter PepT2 bound to cloxacillin, pose 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

44602

9biu

EMDB-44602, PDB-9biu:
Cryo-EM structure of the mammalian peptide transporter PepT2 bound to cloxacillin, pose 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物


PDB 未公開エントリ

PDB-1app: Unknown entry

ChemComp-AXL:
2-{1-[2-AMINO-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-ACETYLAMINO]-2-OXO-ETHYL}-5,5-DIMETHYL-THIAZOLIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / 薬剤, 抗生剤*YM

ChemComp-CXN:
CLOXACILLIN / クロキサシリン / 抗生剤*YM

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / protein-coupled peptide transporter / peptide transport / antibiotics

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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