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タイトルVisualizing late states of human 40S ribosomal subunit maturation.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 558, Issue 7709, Page 249-253, Year 2018
掲載日2018年6月6日
著者Michael Ameismeier / Jingdong Cheng / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
PubMed 要旨The formation of eukaryotic ribosomal subunits extends from the nucleolus to the cytoplasm and entails hundreds of assembly factors. Despite differences in the pathways of ribosome formation, high- ...The formation of eukaryotic ribosomal subunits extends from the nucleolus to the cytoplasm and entails hundreds of assembly factors. Despite differences in the pathways of ribosome formation, high-resolution structural information has been available only from fungi. Here we present cryo-electron microscopy structures of late-stage human 40S assembly intermediates, representing one state reconstituted in vitro and five native states that range from nuclear to late cytoplasmic. The earliest particles reveal the position of the biogenesis factor RRP12 and distinct immature rRNA conformations that accompany the formation of the 40S subunit head. Molecular models of the late-acting assembly factors TSR1, RIOK1, RIOK2, ENP1, LTV1, PNO1 and NOB1 provide mechanistic details that underlie their contribution to a sequential 40S subunit assembly. The NOB1 architecture displays an inactive nuclease conformation that requires rearrangement of the PNO1-bound 3' rRNA, thereby coordinating the final rRNA folding steps with site 3 cleavage.
リンクNature / PubMed:29875412
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.5 Å
構造データ

EMDB-4337, PDB-6g18:
Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-4348, PDB-6g4s:
Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-4349, PDB-6g4w:
Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-4350, PDB-6g51:
Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-4351, PDB-6g53:
Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-4352, PDB-6g5h:
Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - Mature
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-4353, PDB-6g5i:
Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State R
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / 40S / pre-40S / ribosome biogenesis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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