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タイトルA virally encoded tRNA neutralizes the PARIS antiviral defence system.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 634, Issue 8033, Page 424-431, Year 2024
掲載日2024年8月7日
著者Nathaniel Burman / Svetlana Belukhina / Florence Depardieu / Royce A Wilkinson / Mikhail Skutel / Andrew Santiago-Frangos / Ava B Graham / Alexei Livenskyi / Anna Chechenina / Natalia Morozova / Trevor Zahl / William S Henriques / Murat Buyukyoruk / Christophe Rouillon / Baptiste Saudemont / Lena Shyrokova / Tatsuaki Kurata / Vasili Hauryliuk / Konstantin Severinov / Justine Groseille / Agnès Thierry / Romain Koszul / Florian Tesson / Aude Bernheim / David Bikard / Blake Wiedenheft / Artem Isaev /
PubMed 要旨Viruses compete with each other for limited cellular resources, and some deliver defence mechanisms that protect the host from competing genetic parasites. The phage antirestriction induced system ...Viruses compete with each other for limited cellular resources, and some deliver defence mechanisms that protect the host from competing genetic parasites. The phage antirestriction induced system (PARIS) is a defence system, often encoded in viral genomes, that is composed of a 55 kDa ABC ATPase (AriA) and a 35 kDa TOPRIM nuclease (AriB). However, the mechanism by which AriA and AriB function in phage defence is unknown. Here we show that AriA and AriB assemble into a 425 kDa supramolecular immune complex. We use cryo-electron microscopy to determine the structure of this complex, thereby explaining how six molecules of AriA assemble into a propeller-shaped scaffold that coordinates three subunits of AriB. ATP-dependent detection of foreign proteins triggers the release of AriB, which assembles into a homodimeric nuclease that blocks infection by cleaving host lysine transfer RNA. Phage T5 subverts PARIS immunity through expression of a lysine transfer RNA variant that is not cleaved by PARIS, thereby restoring viral infection. Collectively, these data explain how AriA functions as an ATP-dependent sensor that detects viral proteins and activates the AriB toxin. PARIS is one of an emerging set of immune systems that form macromolecular complexes for the recognition of foreign proteins, rather than foreign nucleic acids.
リンクNature / PubMed:39111359 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.5 Å
構造データ

42719

8ux9

EMDB-42719, PDB-8ux9:
Asymmetric unit of the PARIS Immune Complex at 3.2 Angstrom Resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-43103: Structure of the PARIS immune complex with AriB subunits in C3 arrangement.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

EMDB-43104: PARIS immune complex with AriB subunits in the trans arrangement.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

EMDB-43105: Map of the AriA homohexamer following release of the AriB effector during PARIS-mediated defense.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • escherichia coli b185 (大腸菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM / PARIS / AriA / AriB / DUF4435

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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