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Structure paper

タイトルDe novo protein identification in mammalian sperm using in situ cryoelectron tomography and AlphaFold2 docking.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 23, Page 5041-5053.e19, Year 2023
掲載日2023年11月9日
著者Zhen Chen / Momoko Shiozaki / Kelsey M Haas / Will M Skinner / Shumei Zhao / Caiying Guo / Benjamin J Polacco / Zhiheng Yu / Nevan J Krogan / Polina V Lishko / Robyn M Kaake / Ronald D Vale / David A Agard /
PubMed 要旨To understand the molecular mechanisms of cellular pathways, contemporary workflows typically require multiple techniques to identify proteins, track their localization, and determine their ...To understand the molecular mechanisms of cellular pathways, contemporary workflows typically require multiple techniques to identify proteins, track their localization, and determine their structures in vitro. Here, we combined cellular cryoelectron tomography (cryo-ET) and AlphaFold2 modeling to address these questions and understand how mammalian sperm are built in situ. Our cellular cryo-ET and subtomogram averaging provided 6.0-Å reconstructions of axonemal microtubule structures. The well-resolved tertiary structures allowed us to unbiasedly match sperm-specific densities with 21,615 AlphaFold2-predicted protein models of the mouse proteome. We identified Tektin 5, CCDC105, and SPACA9 as novel microtubule-associated proteins. These proteins form an extensive interaction network crosslinking the lumen of axonemal doublet microtubules, suggesting their roles in modulating the mechanical properties of the filaments. Indeed, Tekt5 -/- sperm possess more deformed flagella with 180° bends. Together, our studies presented a cellular visual proteomics workflow and shed light on the in vivo functions of Tektin 5.
リンクCell / PubMed:37865089 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度6.0 - 10.4 Å
構造データ

EMDB-41315: 16-nm repeating structure of A-tubule from mouse sperm flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-41316: 16-nm repeating structure of B-tubule from mouse sperm flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-41317: CryoET reconstruction of 48-nm repeat doublet microtubule from human sperm
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.4 Å

EMDB-41320: 48 nm-repeating structure of doublets from Tektin5-KO mouse sperm axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.4 Å

41431

8to0

EMDB-41431, PDB-8to0:
48-nm repeating structure of doublets from mouse sperm flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-41450: Focused reconstruction of mouse doublet (register #1)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-41451: Focused reconstruction of doublets from mouse sperm (register #2)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Mammalian sperm / axoneme / microtubule-based structure / microtubule inner protein / non-motor proteins / cellular motility / fertility

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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