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タイトルImplications of a multiscale structure of the yeast nuclear pore complex.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 18, Page 3283-33302.e5, Year 2023
掲載日2023年9月21日
著者Christopher W Akey / Ignacia Echeverria / Christna Ouch / Ilona Nudelman / Yi Shi / Junjie Wang / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Michael P Rout /
PubMed 要旨Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from ...Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from cryogenic electron microscopy and AlphaFold2 models. Key features of the inner and outer rings were integrated into a comprehensive model. We resolved flexible connectors that tie together the core scaffold, along with equatorial transmembrane complexes and a lumenal ring that anchor this channel within the pore membrane. The organization of the nuclear double outer ring reveals an architecture that may be shared with ancestral NPCs. Additional connections between the core scaffold and the central transporter suggest that under certain conditions, a degree of local organization is present at the periphery of the transport machinery. These connectors may couple conformational changes in the scaffold to the central transporter to modulate transport. Collectively, this analysis provides insights into assembly, transport, and NPC evolution.
リンクMol Cell / PubMed:37738963 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.6 - 31.7 Å
構造データ

EMDB-41114: Nuclear double outer ring of the yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-41116: Lumenal ring of the isolated yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.7 Å

41117

8t9l

EMDB-41117, PDB-8t9l:
Pom34-Pom152 membrane attachment site yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-41119: Cytoplasmic outer ring of the yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-41120: Central transporter/plug yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-41121: Double outer ring connectors of the yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.5 Å

EMDB-41122: Connectors in cytoplasmic outer ring of yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 31.7 Å

EMDB-41123: Composite multiscale structure of the yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

41285

8tie

EMDB-41285, PDB-8tie:
Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

41300

8tj5

EMDB-41300, PDB-8tj5:
Inner spoke ring of the yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nuclear pore complex / nucleocytoplasmic transport / nucleoporin / membrane protein / translocase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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