[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルA conformational selection mechanism of flavivirus NS5 for species-specific STAT2 inhibition.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 7, Issue 1, Page 76, Year 2024
掲載日2024年1月10日
著者Mahamaya Biswal / Wangyuan Yao / Jiuwei Lu / Jianbin Chen / Juliet Morrison / Rong Hai / Jikui Song /
PubMed 要旨Flaviviruses, including Zika virus (ZIKV) and Dengue virus (DENV), rely on their non-structural protein 5 (NS5) for both replication of viral genome and suppression of host IFN signaling. DENV and ...Flaviviruses, including Zika virus (ZIKV) and Dengue virus (DENV), rely on their non-structural protein 5 (NS5) for both replication of viral genome and suppression of host IFN signaling. DENV and ZIKV NS5s were shown to facilitate proteosome-mediated protein degradation of human STAT2 (hSTAT2). However, how flavivirus NS5s have evolved for species-specific IFN-suppression remains unclear. Here we report structure-function characterization of the DENV serotype 2 (DENV2) NS5-hSTAT2 complex. The MTase and RdRP domains of DENV2 NS5 form an extended conformation to interact with the coiled-coil and N-terminal domains of hSTAT2, thereby promoting hSTAT2 degradation in cells. Disruption of the extended conformation of DENV2/ZIKV NS5, but not the alternative compact state, impaired their hSTAT2 binding. Our comparative structural analysis of flavivirus NS5s further reveals a conserved protein-interaction platform with subtle amino-acid variations likely underpinning diverse IFN-suppression mechanisms. Together, this study uncovers a conformational selection mechanism underlying species-specific hSTAT2 inhibition by flavivirus NS5.
リンクCommun Biol / PubMed:38195857 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.34 - 3.45 Å
構造データ

40952

8t12

EMDB-40952, PDB-8t12:
Cryo-EM structure of DENV2 NS5 in complex with human STAT2 with the N-terminal domain of STAT2 ordered.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

40953

8t13

EMDB-40953, PDB-8t13:
Cryo-EM structure of DENV2 NS5 in complex with human STAT2 with the N-terminal domain of STAT2 disordered
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る