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タイトルHigh-Resolution single particle analysis using a scintillator camera XF416 on CRYOARM300II at 300 kV.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 218, Issue 1, Page 108286, Year 2026
掲載日2026年1月3日
著者Shinji Aramaki / Tomohito Tanihara / Yuya Yoshida / Naoya Matsunaga / Shigehiro Ohdo / Kouta Mayanagi /
PubMed 要旨The advent of direct electron detectors (DEDs) has driven a major breakthrough in cryo-electron microscopy (cryo-EM), particularly in single-particle analysis (SPA), establishing DEDs as essential ...The advent of direct electron detectors (DEDs) has driven a major breakthrough in cryo-electron microscopy (cryo-EM), particularly in single-particle analysis (SPA), establishing DEDs as essential tools for achieving near-atomic resolution. In this study, we re-evaluated the performance of the TVIPS TemCam-XF416, an indirect scintillator-coupled CMOS camera (scintillator camera). Using a JEOL CRYOARM 300II, we performed SPA on two well-established benchmark specimens, β-galactosidase and apoferritin, at a 300 kV acceleration voltage. The resulting reconstructions reached resolutions of 2.6 Å and 2.1 Å, respectively. Notably, the apoferritin map clearly resolves the central holes of aromatic side chains-a level of detail previously considered exclusive to DEDs. These results were achieved by implementing the latest standard reconstruction workflows, including motion correction and contrast transfer function refinement, underscoring the critical role of computational methods in attaining high-resolution structures. While scintillator cameras inherently exhibit a lower signal-to-noise ratio than DEDs, our findings with XF416 demonstrate that, with appropriate data collection and processing, such cameras can deliver near-atomic resolution structures. This work establishes a crucial technical benchmark for the scintillator camera evaluated in this study on a high-end 300 kV cryo-EM platform, demonstrating its capability to achieve resolutions suitable for many structural biology applications and providing an updated perspective on its performance capabilities.
リンクJ Struct Biol / PubMed:41491063
手法EM (単粒子)
解像度2.08 - 2.62 Å
構造データ

EMDB-39463: 2.6A b-Galactosidase Structure Solved Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

EMDB-39481: 2.08A Apoferritin Structure Solved Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.08 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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