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タイトルMolecular basis of chromatin remodelling by DDM1 involved in plant DNA methylation.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 10, Issue 3, Page 374-380, Year 2024
掲載日2024年2月27日
著者Yue Liu / Zhihui Zhang / Hongmiao Hu / Wei Chen / Fan Zhang / Qian Wang / Changshi Wang / Kaige Yan / Jiamu Du /
PubMed 要旨Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, ...Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, chromatin remodellers function in various biological processes and possess both conserved and plant-specific components. DECREASE IN DNA METHYLATION 1 (DDM1) is a plant chromatin remodeller that plays a key role in the maintenance DNA methylation. Here we determined the structures of Arabidopsis DDM1 in complex with nucleosome in ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free conformations. We show that DDM1 specifically recognizes the H4 tail and nucleosomal DNA. The conformational differences between ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free DDM1 suggest a chromatin remodelling cycle coupled to ATP binding, hydrolysis and ADP release. This, in turn, triggers conformational changes in the DDM1-bound nucleosomal DNA, which alters the nucleosome structure and promotes DNA sliding. Together, our data reveal the molecular basis of chromatin remodelling by DDM1.
リンクNat Plants / PubMed:38413824
手法EM (単粒子)
解像度3.17 - 4.05 Å
構造データ

37529

8wh5

EMDB-37529, PDB-8wh5:
Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

37533

8wh8

EMDB-37533, PDB-8wh8:
Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

37535

8wh9

EMDB-37535, PDB-8wh9:
Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

37537

8wha

EMDB-37537, PDB-8wha:
Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.05 Å

37538

8whb

EMDB-37538, PDB-8whb:
Structure of nucleosome core particle of Arabidopsis thaliana
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION / complex / nucleosome / chromatin remodeling / structural protein-hydrolase-dna complex / chromatin / histone / protein dna interaction / nucleoprotein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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