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タイトルStructural basis of nucleosome deacetylation and DNA linker tightening by Rpd3S histone deacetylase complex.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 33, Issue 10, Page 790-801, Year 2023
掲載日2023年9月4日
著者Shuqi Dong / Huadong Li / Meilin Wang / Nadia Rasheed / Binqian Zou / Xijie Gao / Jiali Guan / Weijie Li / Jiale Zhang / Chi Wang / Ningkun Zhou / Xue Shi / Mei Li / Min Zhou / Junfeng Huang / He Li / Ying Zhang / Koon Ho Wong / Xiaofei Zhang / William Chong Hang Chao / Jun He /
PubMed 要旨In Saccharomyces cerevisiae, cryptic transcription at the coding region is prevented by the activity of Sin3 histone deacetylase (HDAC) complex Rpd3S, which is carried by the transcribing RNA ...In Saccharomyces cerevisiae, cryptic transcription at the coding region is prevented by the activity of Sin3 histone deacetylase (HDAC) complex Rpd3S, which is carried by the transcribing RNA polymerase II (RNAPII) to deacetylate and stabilize chromatin. Despite its fundamental importance, the mechanisms by which Rpd3S deacetylates nucleosomes and regulates chromatin dynamics remain elusive. Here, we determined several cryo-EM structures of Rpd3S in complex with nucleosome core particles (NCPs), including the H3/H4 deacetylation states, the alternative deacetylation state, the linker tightening state, and a state in which Rpd3S co-exists with the Hho1 linker histone on NCP. These structures suggest that Rpd3S utilizes a conserved Sin3 basic surface to navigate through the nucleosomal DNA, guided by its interactions with H3K36 methylation and the extra-nucleosomal DNA linkers, to target acetylated H3K9 and sample other histone tails. Furthermore, our structures illustrate that Rpd3S reconfigures the DNA linkers and acts in concert with Hho1 to engage the NCP, potentially unraveling how Rpd3S and Hho1 work in tandem for gene silencing.
リンクCell Res / PubMed:37666978 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.46 Å
構造データ

37096

8kc7

EMDB-37096, PDB-8kc7:
Rpd3S histone deacetylase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

37122

8kd2

EMDB-37122, PDB-8kd2:
Rpd3S in complex with 187bp nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

37123

8kd3

EMDB-37123, PDB-8kd3:
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

37124

8kd4

EMDB-37124, PDB-8kd4:
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

37125

8kd5

EMDB-37125, PDB-8kd5:
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

37126

8kd6

EMDB-37126, PDB-8kd6:
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

37127

8kd7

EMDB-37127, PDB-8kd7:
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / Rpd3S / HDAC / Hho1 / cryptic transcription

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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