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タイトルStructure of the siphophage neck-Tail complex suggests that conserved tail tip proteins facilitate receptor binding and tail assembly.
ジャーナル・号・ページPLoS Biol, Vol. 21, Issue 12, Page e3002441, Year 2023
掲載日2023年12月14日
著者Hao Xiao / Le Tan / Zhixue Tan / Yewei Zhang / Wenyuan Chen / Xiaowu Li / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu /
PubMed 要旨Siphophages have a long, flexible, and noncontractile tail that connects to the capsid through a neck. The phage tail is essential for host cell recognition and virus-host cell interactions; ...Siphophages have a long, flexible, and noncontractile tail that connects to the capsid through a neck. The phage tail is essential for host cell recognition and virus-host cell interactions; moreover, it serves as a channel for genome delivery during infection. However, the in situ high-resolution structure of the neck-tail complex of siphophages remains unknown. Here, we present the structure of the siphophage lambda "wild type," the most widely used, laboratory-adapted fiberless mutant. The neck-tail complex comprises a channel formed by stacked 12-fold and hexameric rings and a 3-fold symmetrical tip. The interactions among DNA and a total of 246 tail protein molecules forming the tail and neck have been characterized. Structural comparisons of the tail tips, the most diversified region across the lambda and other long-tailed phages or tail-like machines, suggest that their tail tip contains conserved domains, which facilitate tail assembly, receptor binding, cell adsorption, and DNA retaining/releasing. These domains are distributed in different tail tip proteins in different phages or tail-like machines. The side tail fibers are not required for the phage particle to orient itself vertically to the surface of the host cell during attachment.
リンクPLoS Biol / PubMed:38096144 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.0 Å
構造データ

36844

8k35

EMDB-36844, PDB-8k35:
Structure of the bacteriophage lambda tail tip complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

36845

8k36

EMDB-36845, PDB-8k36:
Structure of the bacteriophage lambda tail tube
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

36846

8k37

EMDB-36846, PDB-8k37:
Structure of the bacteriophage lambda neck
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

36847

8k38

EMDB-36847, PDB-8k38:
The structure of bacteriophage lambda portal-adaptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

36848

8k39

EMDB-36848, PDB-8k39:
Structure of the bacteriophage lambda portal vertex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • escherichia phage lambda (λファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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