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タイトルHydrolytic endonucleolytic ribozyme (HYER) is programmable for sequence-specific DNA cleavage.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 383, Issue 6682, Page eadh4859, Year 2024
掲載日2024年2月2日
著者Zi-Xian Liu / Shouyue Zhang / Han-Zhou Zhu / Zhi-Hang Chen / Yun Yang / Long-Qi Li / Yuan Lei / Yun Liu / Dan-Yuan Li / Ao Sun / Cheng-Ping Li / Shun-Qing Tan / Gao-Li Wang / Jie-Yi Shen / Shuai Jin / Caixia Gao / Jun-Jie Gogo Liu /
PubMed 要旨Ribozymes are catalytic RNAs with diverse functions including self-splicing and polymerization. This work aims to discover natural ribozymes that behave as hydrolytic and sequence-specific DNA ...Ribozymes are catalytic RNAs with diverse functions including self-splicing and polymerization. This work aims to discover natural ribozymes that behave as hydrolytic and sequence-specific DNA endonucleases, which could be repurposed as DNA manipulation tools. Focused on bacterial group II-C introns, we found that many systems without intron-encoded protein propagate multiple copies in their resident genomes. These introns, named HYdrolytic Endonucleolytic Ribozymes (HYERs), cleaved RNA, single-stranded DNA, bubbled double-stranded DNA (dsDNA), and plasmids in vitro. HYER1 generated dsDNA breaks in the mammalian genome. Cryo-electron microscopy analysis revealed a homodimer structure for HYER1, where each monomer contains a Mg-dependent hydrolysis pocket and captures DNA complementary to the target recognition site (TRS). Rational designs including TRS extension, recruiting sequence insertion, and heterodimerization yielded engineered HYERs showing improved specificity and flexibility for DNA manipulation.
リンクScience / PubMed:38301022
手法EM (単粒子)
解像度2.58 - 3.41 Å
構造データ

36776

8k0p

EMDB-36776, PDB-8k0p:
The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 at symmetric apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

36777

8k0q

EMDB-36777: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron DR1 at symmetric pre-cleavage state
PDB-8k0q: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 at symmetric pre-cleavage state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

36778

8k0r

EMDB-36778, PDB-8k0r:
The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 at symmetric post cleavge state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

36779

8k0s

EMDB-36779, PDB-8k0s:
The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 with 10-nt TRS at symmetric apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

36786

8k15

EMDB-36786, PDB-8k15:
The Streptococcus azizii ORF-less Group IIC intron HYER2 at apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア)
  • streptococcus azizii (バクテリア)
キーワードRNA / ORF-less Group IIC intron / ribozymes

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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