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タイトルVirological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.5 variant.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 1176, Year 2024
掲載日2024年2月8日
著者Tomokazu Tamura / Takashi Irie / Sayaka Deguchi / Hisano Yajima / Masumi Tsuda / Hesham Nasser / Keita Mizuma / Arnon Plianchaisuk / Saori Suzuki / Keiya Uriu / Mst Monira Begum / Ryo Shimizu / Michael Jonathan / Rigel Suzuki / Takashi Kondo / Hayato Ito / Akifumi Kamiyama / Kumiko Yoshimatsu / Maya Shofa / Rina Hashimoto / Yuki Anraku / Kanako Terakado Kimura / Shunsuke Kita / Jiei Sasaki / Kaori Sasaki-Tabata / Katsumi Maenaka / Naganori Nao / Lei Wang / Yoshitaka Oda / / Terumasa Ikeda / Akatsuki Saito / Keita Matsuno / Jumpei Ito / Shinya Tanaka / Kei Sato / Takao Hashiguchi / Kazuo Takayama / Takasuke Fukuhara /
PubMed 要旨Circulation of SARS-CoV-2 Omicron XBB has resulted in the emergence of XBB.1.5, a new Variant of Interest. Our phylogenetic analysis suggests that XBB.1.5 evolved from XBB.1 by acquiring the S486P ...Circulation of SARS-CoV-2 Omicron XBB has resulted in the emergence of XBB.1.5, a new Variant of Interest. Our phylogenetic analysis suggests that XBB.1.5 evolved from XBB.1 by acquiring the S486P spike (S) mutation, subsequent to the acquisition of a nonsense mutation in ORF8. Neutralization assays showed similar abilities of immune escape between XBB.1.5 and XBB.1. We determine the structural basis for the interaction between human ACE2 and the S protein of XBB.1.5, showing similar overall structures between the S proteins of XBB.1 and XBB.1.5. We provide the intrinsic pathogenicity of XBB.1 and XBB.1.5 in hamsters. Importantly, we find that the ORF8 nonsense mutation of XBB.1.5 resulted in impairment of MHC suppression. In vivo experiments using recombinant viruses reveal that the XBB.1.5 mutations are involved with reduced virulence of XBB.1.5. Together, our study identifies the two viral functions defined the difference between XBB.1 and XBB.1.5.
リンクNat Commun / PubMed:38332154 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.59 - 3.38 Å
構造データ

36724

8jyk

EMDB-36724, PDB-8jyk:
Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

36726

8jym

EMDB-36726, PDB-8jym:
Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

36727

8jyn

EMDB-36727, PDB-8jyn:
Structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein in complex with ACE2 (1-up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

36728

8jyo

EMDB-36728, PDB-8jyo:
Structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

36729

8jyp

EMDB-36729, PDB-8jyp:
Structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike RBD in complex with ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / spike protein / glycoprotein / VIRUS / VIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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