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タイトルArchitecture and activation of human muscle phosphorylase kinase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2719, Year 2024
掲載日2024年3月28日
著者Xiaoke Yang / Mingqi Zhu / Xue Lu / Yuxin Wang / Junyu Xiao /
PubMed 要旨The study of phosphorylase kinase (PhK)-regulated glycogen metabolism has contributed to the fundamental understanding of protein phosphorylation; however, the molecular mechanism of PhK remains ...The study of phosphorylase kinase (PhK)-regulated glycogen metabolism has contributed to the fundamental understanding of protein phosphorylation; however, the molecular mechanism of PhK remains poorly understood. Here we present the high-resolution cryo-electron microscopy structures of human muscle PhK. The 1.3-megadalton PhK αβγδ hexadecamer consists of a tetramer of tetramer, wherein four αβγδ modules are connected by the central β scaffold. The α- and β-subunits possess glucoamylase-like domains, but exhibit no detectable enzyme activities. The α-subunit serves as a bridge between the β-subunit and the γδ subcomplex, and facilitates the γ-subunit to adopt an autoinhibited state. Ca-free calmodulin (δ-subunit) binds to the γ-subunit in a compact conformation. Upon binding of Ca, a conformational change occurs, allowing for the de-inhibition of the γ-subunit through a spring-loaded mechanism. We also reveal an ADP-binding pocket in the β-subunit, which plays a role in allosterically enhancing PhK activity. These results provide molecular insights of this important kinase complex.
リンクNat Commun / PubMed:38548794 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.1 Å
構造データ

36212

8jfk

EMDB-36212, PDB-8jfk:
PhK holoenzyme in inactive state, muscle isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

36213

8jfl

EMDB-36213, PDB-8jfl:
PhK holoenzyme in active state, muscle isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

36214

8xya

EMDB-36214: local map of hPhK alpha-beta-gamma-delta subcomplex in inactive state
PDB-8xya: hPhK alpha-beta-gamma-delta subcomplex in inactive state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

36215

8xyb

EMDB-36215: local map of hPhK gamma-delta subcomplex in inactive state
PDB-8xyb: hPhK gamma-delta subcomplex in inactive state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

36216

8xy7

EMDB-36216: local map of hPhK alpha-gamma subcomplex in active state
PDB-8xy7: hPhK alpha-gamma subcomplex in active state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-FAR:
FARNESYL / (6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / glycogen phosphorylase b kinase / muscle isoform / inactive state / Ca2+ active state / hPhK alpha-gamma subcomplex / alpha-beta-gamma-delta subcomplex / gamma-delta subcomplex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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