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タイトルStructural insights into neurokinin 3 receptor activation by endogenous and analogue peptide agonists.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 9, Issue 1, Page 66, Year 2023
掲載日2023年6月30日
著者Wenjing Sun / Fan Yang / Huanhuan Zhang / Qingning Yuan / Shenglong Ling / Yuanxia Wang / Pei Lv / Zelin Li / Yifan Luo / Dongsheng Liu / Wanchao Yin / Pan Shi / H Eric Xu / Changlin Tian /
PubMed 要旨Neurokinin 3 receptor (NK3R) is a tachykinin receptor essential for the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The endogenous peptide agonist neurokinin B (NKB) preferentially activates NK3R, while ...Neurokinin 3 receptor (NK3R) is a tachykinin receptor essential for the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The endogenous peptide agonist neurokinin B (NKB) preferentially activates NK3R, while substance P (SP) binds preferentially to NK1R. In addition, the SP analogue senktide more potently activates NK3R than NKB and SP. However, the mechanisms of preferential binding of peptide and NK3R activation remain elusive. Herein, we determined the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the NK3R-G complex bound to NKB, SP and senktide. The three NK3R-G/peptide complexes utilize a class of noncanonical receptor activation mechanisms. Combining the structural analysis and functional assay illustrated that the consensus C-termini of the three peptide agonists share a conserved binding mode to NK3R, while the divergent N-termini of the peptides confer the preferential binding of the agonist to NK3R. In addition, the specific interactions between the N-terminus of senktide and the N-terminus and extracellular loops (ECL2 and ECL3) of NK3R lead to the improved activation displayed by senktide compared to SP and NKB. These findings pave the way to understand tachykinin receptor subtype selectivity and provide ideas to rationally develop drugs targeting NK3R.
リンクCell Discov / PubMed:37391393 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.0 Å
構造データ

36144

8jbf

EMDB-36144, PDB-8jbf:
Senktide bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

36145

8jbg

EMDB-36145, PDB-8jbg:
Neurokinin B bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

36146

8jbh

EMDB-36146, PDB-8jbh:
Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • mus musculoides (ネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein coupled receptor / Neurokinin / Cryo-EM / Peptide Agonists

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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