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万見
- EMDB-36146: Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36146
タイトルSubstance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
マップデータSubstance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
試料
  • 複合体: Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: NK3R-pFastbac1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: ScFv16 nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: peptide from Protachykinin-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein Gq subunit alpha (G324)
キーワードG protein coupled receptor / Neurokinin / Cryo-EM / Peptide Agonists / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


substance P receptor binding / Tachykinin receptors bind tachykinins / insemination / detection of abiotic stimulus / tachykinin receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste ...substance P receptor binding / Tachykinin receptors bind tachykinins / insemination / detection of abiotic stimulus / tachykinin receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (q) signalling events / response to pain / G alpha (i) signalling events / spectrin binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / photoreceptor outer segment / neuropeptide signaling pathway / photoreceptor inner segment / sensory perception of pain / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to nerve growth factor stimulus / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / cell-cell signaling / signaling receptor complex adaptor activity / cell body / GTPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / cellular response to hypoxia / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / axon / neuronal cell body / GTPase activity / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tachykinin family / Tachykinin family / Tachykinin domain / Tachykinin family / Tachykinin/Neurokinin-like, conserved site / Tachykinin family signature. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...Tachykinin family / Tachykinin family / Tachykinin domain / Tachykinin family / Tachykinin/Neurokinin-like, conserved site / Tachykinin family signature. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protachykinin-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculoides (ネズミ) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sun WJ / Yang F / Zhang HH / Yuan QN / Yin WC / Shi P / Eric X / Tian CL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structural insights into neurokinin 3 receptor activation by endogenous and analogue peptide agonists.
著者: Wenjing Sun / Fan Yang / Huanhuan Zhang / Qingning Yuan / Shenglong Ling / Yuanxia Wang / Pei Lv / Zelin Li / Yifan Luo / Dongsheng Liu / Wanchao Yin / Pan Shi / H Eric Xu / Changlin Tian /
要旨: Neurokinin 3 receptor (NK3R) is a tachykinin receptor essential for the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The endogenous peptide agonist neurokinin B (NKB) preferentially activates NK3R, while ...Neurokinin 3 receptor (NK3R) is a tachykinin receptor essential for the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The endogenous peptide agonist neurokinin B (NKB) preferentially activates NK3R, while substance P (SP) binds preferentially to NK1R. In addition, the SP analogue senktide more potently activates NK3R than NKB and SP. However, the mechanisms of preferential binding of peptide and NK3R activation remain elusive. Herein, we determined the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the NK3R-G complex bound to NKB, SP and senktide. The three NK3R-G/peptide complexes utilize a class of noncanonical receptor activation mechanisms. Combining the structural analysis and functional assay illustrated that the consensus C-termini of the three peptide agonists share a conserved binding mode to NK3R, while the divergent N-termini of the peptides confer the preferential binding of the agonist to NK3R. In addition, the specific interactions between the N-terminus of senktide and the N-terminus and extracellular loops (ECL2 and ECL3) of NK3R lead to the improved activation displayed by senktide compared to SP and NKB. These findings pave the way to understand tachykinin receptor subtype selectivity and provide ideas to rationally develop drugs targeting NK3R.
履歴
登録2023年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038
最小 - 最大-0.20294811 - 0.36477423
平均 (標準偏差)0.00018379383 (±0.005437979)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Substance P bound to active human neurokinin 3...

ファイルemd_36146_half_map_1.map
注釈Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Substance P bound to active human neurokinin 3...

ファイルemd_36146_half_map_2.map
注釈Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in comple...

全体名称: Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq heterotrimer
要素
  • 複合体: Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: NK3R-pFastbac1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: ScFv16 nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: peptide from Protachykinin-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein Gq subunit alpha (G324)

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超分子 #1: Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in comple...

超分子名称: Substance P bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq heterotrimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NK3R-pFastbac1

分子名称: NK3R-pFastbac1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 158.089531 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRHG FDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLMATLPAA ETWIDGGGGV GADAVNLTAS LAAGAATGAV E TGWLQLLD ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRHG FDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLMATLPAA ETWIDGGGGV GADAVNLTAS LAAGAATGAV E TGWLQLLD QAGNLSSSPS ALGLPVASPA PSQPWANLTN QFVQPSWRIA LWSLAYGVVV AVAVLGNLIV IWIILAHKRM RT VTNYFLV NLAFSDASMA AFNTLVNFIY ALHSEWYFGA NYCRFQNFFP ITAVFASIYS MTAIAVDRYM AIIDPLKPRL SAT ATKIVI GSIWILAFLL AFPQCLYSKT KVMPGRTLCF VQWPEGPKQH FTYHIIVIIL VYCFPLLIMG ITYTIVGITL WGGE IPGDT CDKYHEQLKA KRKVVKMMII VVMTFAICWL PYHIYFILTA IYQQLNRWKY IQQVYLASFW LAMSSTMYNP IIYCC LNKR FRAGFKRAFR WCPFIKVSSY DELELKTTRF HPVFTLEDFV GDWEQTAAYN LDQVLEQGGV SSLLQNLAVS VTPIQR IVR SGENALKIDI HVIIPYEGLS ADQMAQIEEV FKVVYPVDDH HFKVILPYGT LVIDGVTPNM LNYFGRPYEG IAVFDGK KI TVTGTLWNGN KIIDERLITP DGSMLFRVTI NSGGSENLYF QGGSAGSAAK IEEGKLVIWI NGDKGYNGLA EVGKKFEK D TGIKVTVEHP DKLEEKFPQV AATGDGPDII FWAHDRFGGY AQSGLLAEIT PDKAFQDKLY PFTWDAVRYN GKLIAYPIA VEALSLIYNK DLLPNPPKTW EEIPALDKEL KAKGKSALMF NLQEPYFTWP LIAADGGYAF KYENGKYDIK DVGVDNAGAK AGLTFLVDL IKNKHMNADT DYSIAEAAFN KGETAMTING PWAWSNIDTS KVNYGVTVLP TFKGQPSKPF VGVLSAGINA A SPNKELAK EFLENYLLTD EGLEAVNKDK PLGAVALKSY EEELAKDPRI AATMENAQKG EIMPNIPQMS AFWYAVRTAV IN AASGRQT VDEALKDAQT AKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFW AHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAK GKSAL MFNLQEPYFT WPLIAADGGY AFKYENGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TDYSIAEAAF NKGET AMTI NGPWAWSNID TSKVNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEGLEAVNKD KPLGAV ALK SYEEELAKDP RIAATMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDEALKDAQ TRITK

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 41.055867 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HMHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
HMHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWNGSSGG GGSGGGGSSG VSGWRLFKKI S

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: ScFv16 nanobody

分子名称: ScFv16 nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 32.708473 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSAG G GGSGGGGS ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSAG G GGSGGGGS GGGGSSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DR FSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GAGTKLELVD ENLYFQGASH HHHHHHH

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: peptide from Protachykinin-1

分子名称: peptide from Protachykinin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.350629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RPKPQQFFGL M

UniProtKB: Protachykinin-1

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分子 #6: Guanine nucleotide-binding protein Gq subunit alpha (G324)

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein Gq subunit alpha (G324)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.694289 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF DSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRKEFVDIST ASG DGRHIC YPHFTCAVDT ENARRIFNDC KDIILQMNLR EYNLV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7rmh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1980009
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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