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タイトルBacterioferritin nanocage structures uncover the biomineralization process in ferritins.
ジャーナル・号・ページPNAS Nexus, Vol. 2, Issue 7, Page pgad235, Year 2023
掲載日2023年7月20日
著者Chacko Jobichen / Tan Ying Chong / Rajesh Rattinam / Sandip Basak / Mahalashmi Srinivasan / Yeu Khai Choong / Kannu Priya Pandey / Tran Bich Ngoc / Jian Shi / Jayaraman Angayarkanni / J Sivaraman /
PubMed 要旨Iron is an essential element involved in various metabolic processes. The ferritin family of proteins forms nanocage assembly and is involved in iron oxidation, storage, and mineralization. Although ...Iron is an essential element involved in various metabolic processes. The ferritin family of proteins forms nanocage assembly and is involved in iron oxidation, storage, and mineralization. Although several structures of human ferritins and bacterioferritins have been solved, there is still no complete structure that shows both the trapped Fe-biomineral cluster and the nanocage. Furthermore, whereas the mechanism of iron trafficking has been explained using various approaches, structural details on the biomineralization process (i.e. the formation of the mineral itself) are generally lacking. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of apoform and biomineral bound form (holoforms) of the bacterioferritin (ScBfr) nanocage and the subunit crystal structure. The holoforms show different stages of Fe-biomineral accumulation inside the nanocage, in which the connections exist in two of the fourfold channels of the nanocage between the C-terminal of the ScBfr monomers and the Fe-biomineral cluster. The mutation and truncation of the bacterioferritin residues involved in these connections significantly reduced the iron and phosphate binding in comparison with those of the wild type and together explain the underlying mechanism. Collectively, our results represent a prototype for the bacterioferritin nanocage, which reveals insight into its biomineralization and the potential channel for bacterioferritin-associated iron trafficking.
リンクPNAS Nexus / PubMed:37529551 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 5.8 Å
構造データ

33639

7y6f

EMDB-33639, PDB-7y6f:
Cryo-EM structure of Apo form of ScBfr
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

33640

7y6g

EMDB-33640, PDB-7y6g:
Cryo-EM structure of bacterioferritin holoform 1a
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

33645

7y6p

EMDB-33645, PDB-7y6p:
Cryo-EM structure if bacterioferritin holoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

36137

8jax

EMDB-36137, PDB-8jax:
Cryo-EM structure of Holo form of ScBfr with O symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

36139

8jb0

EMDB-36139, PDB-8jb0:
Cryo-EM structure of Holo form of ScBfr in C1 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-36140: Cryo-EM structure of Fe-biomineral from bacterioferritin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

化合物

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

由来
  • streptomyces coelicolor (バクテリア)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Bacterioferritin / OXIDOREDUCTASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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