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タイトルVirological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 2800, Year 2023
掲載日2023年5月16日
著者Tomokazu Tamura / Jumpei Ito / Keiya Uriu / Jiri Zahradnik / Izumi Kida / Yuki Anraku / Hesham Nasser / Maya Shofa / Yoshitaka Oda / Spyros Lytras / Naganori Nao / Yukari Itakura / Sayaka Deguchi / Rigel Suzuki / Lei Wang / Mst Monira Begum / Shunsuke Kita / Hisano Yajima / Jiei Sasaki / Kaori Sasaki-Tabata / Ryo Shimizu / Masumi Tsuda / Yusuke Kosugi / Shigeru Fujita / Lin Pan / Daniel Sauter / Kumiko Yoshimatsu / Saori Suzuki / Hiroyuki Asakura / Mami Nagashima / Kenji Sadamasu / Kazuhisa Yoshimura / Yuki Yamamoto / Tetsuharu Nagamoto / Gideon Schreiber / Katsumi Maenaka / / Takao Hashiguchi / Terumasa Ikeda / Takasuke Fukuhara / Akatsuki Saito / Shinya Tanaka / Keita Matsuno / Kazuo Takayama / Kei Sato /
PubMed 要旨In late 2022, SARS-CoV-2 Omicron subvariants have become highly diversified, and XBB is spreading rapidly around the world. Our phylogenetic analyses suggested that XBB emerged through the ...In late 2022, SARS-CoV-2 Omicron subvariants have become highly diversified, and XBB is spreading rapidly around the world. Our phylogenetic analyses suggested that XBB emerged through the recombination of two cocirculating BA.2 lineages, BJ.1 and BM.1.1.1 (a progeny of BA.2.75), during the summer of 2022. XBB.1 is the variant most profoundly resistant to BA.2/5 breakthrough infection sera to date and is more fusogenic than BA.2.75. The recombination breakpoint is located in the receptor-binding domain of spike, and each region of the recombinant spike confers immune evasion and increases fusogenicity. We further provide the structural basis for the interaction between XBB.1 spike and human ACE2. Finally, the intrinsic pathogenicity of XBB.1 in male hamsters is comparable to or even lower than that of BA.2.75. Our multiscale investigation provides evidence suggesting that XBB is the first observed SARS-CoV-2 variant to increase its fitness through recombination rather than substitutions.
リンクNat Commun / PubMed:37193706 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.29 Å
構造データ

35622

8ios

EMDB-35622: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein (closed-1 state)
PDB-8ios: Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein (closed-1 state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

35623

8iot

EMDB-35623: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein (closed-2 state)
PDB-8iot: Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein (closed-2 state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

35624

8iou

EMDB-35624: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (1-up state)
PDB-8iou: Structure of SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (1-up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-35625: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

35626

8iov

EMDB-35626: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 focused on RBD-ACE2 interface
PDB-8iov: Structure of SARS-CoV-2 XBB.1 spike RBD in complex with ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / spike glycoprotein / VIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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