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タイトルSubstrate specificity of plant nitrilase complexes is affected by their helical twist.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 1, Page 186, Year 2018
掲載日2018年11月2日
著者Jeremy D Woodward / Inga Trompetter / B Trevor Sewell / Markus Piotrowski /
PubMed 要旨Nitrilases are oligomeric, helix-forming enzymes from plants, fungi and bacteria that are involved in the metabolism of various natural and artificial nitriles. These biotechnologically important ...Nitrilases are oligomeric, helix-forming enzymes from plants, fungi and bacteria that are involved in the metabolism of various natural and artificial nitriles. These biotechnologically important enzymes are often specific for certain substrates, but directed attempts at modifying their substrate specificities by exchanging binding pocket residues have been largely unsuccessful. Thus, the basis for their selectivity is still unknown. Here we show, based on work with two highly similar nitrilases from the plant , that modifying nitrilase helical twist, either by exchanging an interface residue or by imposing a different twist, without altering any binding pocket residues, changes substrate preference. We reveal that helical twist and substrate size correlate and when binding pocket residues are exchanged between two nitrilases that show the same twist but different specificities, their specificities change. Based on these findings we propose that helical twist influences the overall size of the binding pocket.
リンクCommun Biol / PubMed:30417123 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度20.0 Å
構造データ

EMDB-3486:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3496:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3497:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3498:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3499:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3500:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3501:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3503:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3504:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-3505:
Substrate specificity in plant nitrilase helical assemblies is determined by their twist.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

由来
  • Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • Caenorhabditis elegans (センチュウ)
  • Capsella rubella (ルベラナズナ)
  • Lotus japonicus (エボシグサ)
  • Sinapis alba (シロガラシ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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