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タイトルMolecular mechanism of antibody neutralization of coxsackievirus A16.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 7854, Year 2022
掲載日2022年12月21日
著者Chao Zhang / Caixuan Liu / Jinping Shi / Yalei Wang / Cong Xu / Xiaohua Ye / Qingwei Liu / Xue Li / Weihua Qiao / Yannan Yin / Yao Cong / Zhong Huang /
PubMed 要旨Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working ...Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working mechanisms of two CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (MAbs), 9B5 and 8C4, are comprehensively investigated. Both 9B5 and 8C4 display potent neutralization in vitro and prophylactic and therapeutic efficacy in a mouse model of CVA16 infection. Mechanistically, 9B5 exerts neutralization primarily through inhibiting CVA16 attachment to cell surface via blockade of CVA16 binding to its attachment receptor, heparan sulfate, whereas 8C4 functions mainly at the post-attachment stage of CVA16 entry by interfering with the interaction between CVA16 and its uncoating receptor SCARB2. Cryo-EM studies show that 9B5 and 8C4 target distinct epitopes located at the 5-fold and 3-fold protrusions of CVA16 capsids, respectively, and exhibit differential binding preference to three forms of naturally occurring CVA16 particles. Moreover, 9B5 and 8C4 are compatible in formulating an antibody cocktail which displays the ability to prevent virus escape seen with individual MAbs. Together, our work elucidates the functional and structural basis of CVA16 antibody-mediated neutralization and protection, providing important information for design and development of effective CVA16 vaccines and antibody therapies.
リンクNat Commun / PubMed:36543790 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.8 Å
構造データ

33670

7y7m

EMDB-33670, PDB-7y7m:
The structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab 8C4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

33941

7yms

EMDB-33941, PDB-7yms:
Cryo-EM structure of Coxsackievirus A16 in complex with a neutralizing antibody 9B5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

34054

7yrf

EMDB-34054, PDB-7yrf:
Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

34062

7yrh

EMDB-34062, PDB-7yrh:
Cryo-EM structure of compact coxsackievirus A16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 9B5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

34118

7yv2

EMDB-34118, PDB-7yv2:
Cryo-EM structure of expanded coxsackievirus A16 empty particle after incubation with 8C4 antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

34119

7yv7

EMDB-34119, PDB-7yv7:
Cryo-EM structure of expanded coxsackievirus A16 empty particle in complex with antibody 9B5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

由来
  • coxsackievirus a16 (コクサッキーウイルス)
キーワードVIRUS / coxsackievirus A16 / antibody / cryo-EM / STRUCTURAL PROTEIN / antibody 9B5 / antibody 8C4

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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