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タイトルEpoxidized graphene grid for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 13, Issue 1, Page 2279, Year 2023
掲載日2023年2月8日
著者Junso Fujita / Fumiaki Makino / Haruyasu Asahara / Maiko Moriguchi / Shota Kumano / Itsuki Anzai / Jun-Ichi Kishikawa / Yoshiharu Matsuura / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Tsuyoshi Inoue /
PubMed 要旨Functionalization of graphene is one of the most important fundamental technologies in a wide variety of fields including industry and biochemistry. We have successfully achieved a novel oxidative ...Functionalization of graphene is one of the most important fundamental technologies in a wide variety of fields including industry and biochemistry. We have successfully achieved a novel oxidative modification of graphene using photoactivated ClO as a mild oxidant and confirmed the oxidized graphene grid is storable with its functionality for at least three months under N atmosphere. Subsequent chemical functionalization enabled us to develop an epoxidized graphene grid (EG-grid™), which effectively adsorbs protein particles for electron cryomicroscopy (cryoEM) image analysis. The EG-grid dramatically improved the particle density and orientation distribution. The density maps of GroEL and glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) were reconstructed at 1.99 and 2.16 Å resolution from only 504 and 241 micrographs, respectively. A sample solution of 0.1 mg ml was sufficient to reconstruct a 3.10 Å resolution map of SARS-CoV-2 spike protein from 1163 micrographs. The map resolutions of β-galactosidase and apoferritin easily reached 1.81 Å and 1.29 Å resolution, respectively, indicating its atomic-resolution imaging capability. Thus, the EG-grid will be an extremely powerful tool for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis of biological macromolecules.
リンクSci Rep / PubMed:36755111 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.29 - 3.23 Å
構造データ

EMDB-31310: GroEL on EG-grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.99 Å

EMDB-31311: GroEL on hydrophilized graphene grid (low particle density)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.08 Å

EMDB-31312: A3B3 ring of V1-ATPase on EG-grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-31313: Beta-galactosidase on EG-grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.81 Å

EMDB-31314: Apoferritin on EG-grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.29 Å

EMDB-32159: GroEL on hydrophilized graphene grid (high particle density)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

EMDB-32160: SARS-CoV-2 spike protein (1-up RBD) on EG-grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-32161: SARS-CoV-2 spike protein (1-up RBD) on Quantifoil grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-32162: GAPDH on EG-grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.16 Å

EMDB-34106: GroEL on EG-grid stored for 3 months after graphene oxidation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.06 Å

EMDB-34743: GroEL on Quantifoil grid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Escherichia coli
  • Thermus thermophilus (バクテリア)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • Mus musculu (ハツカネズミ)
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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