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Structure paper

タイトルCeramide sensing by human SPT-ORMDL complex for establishing sphingolipid homeostasis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 3475, Year 2023
掲載日2023年6月13日
著者Tian Xie / Peng Liu / Xinyue Wu / Feitong Dong / Zike Zhang / Jian Yue / Usha Mahawar / Faheem Farooq / Hisham Vohra / Qi Fang / Wenchen Liu / Binks W Wattenberg / Xin Gong /
PubMed 要旨The ORM/ORMDL family proteins function as regulatory subunits of the serine palmitoyltransferase (SPT) complex, which is the initiating and rate-limiting enzyme in sphingolipid biosynthesis. This ...The ORM/ORMDL family proteins function as regulatory subunits of the serine palmitoyltransferase (SPT) complex, which is the initiating and rate-limiting enzyme in sphingolipid biosynthesis. This complex is tightly regulated by cellular sphingolipid levels, but the sphingolipid sensing mechanism is unknown. Here we show that purified human SPT-ORMDL complexes are inhibited by the central sphingolipid metabolite ceramide. We have solved the cryo-EM structure of the SPT-ORMDL3 complex in a ceramide-bound state. Structure-guided mutational analyses reveal the essential function of this ceramide binding site for the suppression of SPT activity. Structural studies indicate that ceramide can induce and lock the N-terminus of ORMDL3 into an inhibitory conformation. Furthermore, we demonstrate that childhood amyotrophic lateral sclerosis (ALS) variants in the SPTLC1 subunit cause impaired ceramide sensing in the SPT-ORMDL3 mutants. Our work elucidates the molecular basis of ceramide sensing by the SPT-ORMDL complex for establishing sphingolipid homeostasis and indicates an important role of impaired ceramide sensing in disease development.
リンクNat Commun / PubMed:37308477 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.1 Å
構造データ

33864

7yiu

EMDB-33864: Cryo-EM structure of C6-ceramide-bound SPT-ORMDL3 complex
PDB-7yiu: Cryo-EM structure of the C6-ceramide-bound SPT-ORMDL3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

33866

7yiy

EMDB-33866, PDB-7yiy:
Cryo-EM structure of SPT-ORMDL3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

33868

7yj1

EMDB-33868, PDB-7yj1:
Cryo-EM structure of SPT-ORMDL3 (ORMDL3-deltaN2) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

33869

7yj2

EMDB-33869, PDB-7yj2:
Cryo-EM structure of SPT-ORMDL3 (ORMDL3-N13A) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

ChemComp-6CM:
N-((E,2S,3R)-1,3-DIHYDROXYOCTADEC-4-EN-2-YL)HEXANAMIDE / C6セラミド

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン

ChemComp-Z1T:
N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide / C24:0セラミド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE/inhibitor / ceramide / TRANSFERASE-inhibitor complex / TRANSFERASE/INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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