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Structure paper

タイトルStructural and mechanistic insights into ribosomal ITS2 RNA processing by nuclease-kinase machinery.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 12, Year 2024
掲載日2024年1月5日
著者Jiyun Chen / Hong Chen / Shanshan Li / Xiaofeng Lin / Rong Hu / Kaiming Zhang / Liang Liu /
PubMed 要旨Precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) processing is a key step in ribosome biosynthesis and involves numerous RNases. A HEPN (higher eukaryote and prokaryote nucleotide binding) nuclease Las1 and a ...Precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) processing is a key step in ribosome biosynthesis and involves numerous RNases. A HEPN (higher eukaryote and prokaryote nucleotide binding) nuclease Las1 and a polynucleotide kinase Grc3 assemble into a tetramerase responsible for rRNA maturation. Here, we report the structures of full-length and Las1-Grc3 complexes, and Las1. The Las1-Grc3 structures show that the central coiled-coil domain of Las1 facilitates pre-rRNA binding and cleavage, while the Grc3 C-terminal loop motif directly binds to the HEPN active center of Las1 and regulates pre-rRNA cleavage. Structural comparison between Las1 and Las1-Grc3 complex exhibits that Grc3 binding induces conformational rearrangements of catalytic residues associated with HEPN nuclease activation. Biochemical assays identify that Las1 processes pre-rRNA at the two specific sites (C2 and C2'), which greatly facilitates rRNA maturation. Our structures and specific pre-rRNA cleavage findings provide crucial insights into the mechanism and pathway of pre-rRNA processing in ribosome biosynthesis.
リンクElife / PubMed:38180340 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.8 - 3.69 Å
構造データ

33733

8j5y

EMDB-33733: Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex
PDB-8j5y: Structural and mechanistic insight into ribosomal ITS2 RNA processing by nuclease-kinase machinery
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

33735

8j60

EMDB-33735: Cryo-EM structure of CjLas1-Grc3 complex
PDB-8j60: Structural and mechanistic insight into ribosomal ITS2 RNA processing by nuclease-kinase machinery
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

PDB-7y16:
Crystal structure of rRNA-processing protein Las1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7y17:
Crystal structure of ribosomal ITS2 pre-rRNA processing complex from Cyberlindnera jadinii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.39 Å

PDB-7y18:
Crystal structure of ribosomal ITS2 pre-rRNA processing complex from Saccharomyces cerevisiae
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.69 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • cyberlindnera jadinii (トルラ酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA processing (転写後修飾) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / endoribonuclease; ribosome biosynthesis; Las1; Grc3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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