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Structure paper

タイトルStructural and mechanistic insights into the DNA glycosylase AAG-mediated base excision in nucleosome.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 9, Issue 1, Page 62, Year 2023
掲載日2023年6月20日
著者Lvqin Zheng / Bin Tsai / Ning Gao /
PubMed 要旨The engagement of a DNA glycosylase with a damaged DNA base marks the initiation of base excision repair. Nucleosome-based packaging of eukaryotic genome obstructs DNA accessibility, and how DNA ...The engagement of a DNA glycosylase with a damaged DNA base marks the initiation of base excision repair. Nucleosome-based packaging of eukaryotic genome obstructs DNA accessibility, and how DNA glycosylases locate the substrate site on nucleosomes is currently unclear. Here, we report cryo-electron microscopy structures of nucleosomes bearing a deoxyinosine (DI) in various geometric positions and structures of them in complex with the DNA glycosylase AAG. The apo nucleosome structures show that the presence of a DI alone perturbs nucleosomal DNA globally, leading to a general weakening of the interface between DNA and the histone core and greater flexibility for the exit/entry of the nucleosomal DNA. AAG makes use of this nucleosomal plasticity and imposes further local deformation of the DNA through formation of the stable enzyme-substrate complex. Mechanistically, local distortion augmentation, translation/rotational register shift and partial opening of the nucleosome are employed by AAG to cope with substrate sites in fully exposed, occluded and completely buried positions, respectively. Our findings reveal the molecular basis for the DI-induced modification on the structural dynamics of the nucleosome and elucidate how the DNA glycosylase AAG accesses damaged sites on the nucleosome with different solution accessibility.
リンクCell Discov / PubMed:37339965 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.1 Å
構造データ

33171

7xfc

EMDB-33171, PDB-7xfc:
Structure of nucleosome-DI complex (-30I, Apo state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

33172

7xfh

EMDB-33172, PDB-7xfh:
Structure of nucleosome-AAG complex (A-30I, post-catalytic state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

33173

7xfi

EMDB-33173, PDB-7xfi:
Structure of nucleosome-DI complex (-50I, Apo state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

33174

7xfj

EMDB-33174, PDB-7xfj:
Structure of nucleosome-AAG complex (T-50I, post-catalytic state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

33175

7xfl

EMDB-33175, PDB-7xfl:
Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, free state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

33176

7xfm

EMDB-33176, PDB-7xfm:
Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

33177

7xfn

EMDB-33177, PDB-7xfn:
Structure of nucleosome-DI complex (-55I, Apo state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

33322

7xnp

EMDB-33322, PDB-7xnp:
Structure of nucleosome-AAG complex (A-55I, post-catalytic state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Nucleosome / AAG / DNA repair / Base excision repair / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / Cryo-EM / Cyro-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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