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タイトルAn electron counting algorithm improves imaging of proteins with low-acceleration-voltage cryo-electron microscope.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 5, Issue 1, Page 321, Year 2022
掲載日2022年4月6日
著者Dongjie Zhu / Huigang Shi / Chunling Wu / Xinzheng Zhang /
PubMed 要旨Relative to the 300-kV accelerating field, electrons accelerated under lower voltages are potentially scattered more strongly. Lowering the accelerate voltage has been suggested to enhance the signal- ...Relative to the 300-kV accelerating field, electrons accelerated under lower voltages are potentially scattered more strongly. Lowering the accelerate voltage has been suggested to enhance the signal-to-noise ratio (SNR) of cryo-electron microscopy (cryo-EM) images of small-molecular-weight proteins (<100 kD). However, the detection efficient of current Direct Detection Devices (DDDs) and temporal coherence of cryo-EM decrease at lower voltage, leading to loss of SNR. Here, we present an electron counting algorithm to improve the detection of low-energy electrons. The counting algorithm increased the SNR of 120-kV and 200-kV cryo-EM image from a Falcon III camera by 8%, 20% at half the Nyquist frequency and 21%, 80% at Nyquist frequency, respectively, resulting in a considerable improvement in resolution of 3D reconstructions. Our results indicate that with further improved temporal coherence and a dedicated designed camera, a 120-kV cryo-electron microscope has potential to match the 300-kV microscope at imaging small proteins.
リンクCommun Biol / PubMed:35388174 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.51 - 4.35 Å
構造データ

EMDB-32600: Structure of Coxsackievirus A10 for critical dose measurement at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-32601: Structure of Coxsackievirus A10 for critical dose measurement at 160 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-32602: Structure of Coxsackievirus A10 for critical dose measurement at 300 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-32603: Structure of Coxsackievirus A10 with Hybrid electron counting at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-32604: Structure of Coxsackievirus A10 with MCF electron counting at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

EMDB-32605: Structure of Coxsackievirus A10 with WPF electron counting at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-32606: Structure of Coxsackievirus A10 with MCF electron counting and large-sized clusters at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

EMDB-32607: Structure of Coxsackievirus A10 with PVF electron counting and large-sized clusters at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

EMDB-32608: Structure of Coxsackievirus A10 with PCA electron counting and large-sized clusters at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-32609: Structure of Coxsackievirus A10 with MCF electron counting at 200 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

EMDB-32610: Structure of apo-ferritin with PCA electron counting at 300 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

EMDB-32611: Structure of Coxsackievirus A10 with Hybrid electron counting at 200 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

EMDB-32612: Structure of apo-ferritin with Hybrid electron counting at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-32613: Structure of apo-ferritin with MCF electron counting at 120 kV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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