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タイトルConformational changes of a phosphatidylcholine flippase in lipid membranes.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 38, Issue 11, Page 110518, Year 2022
掲載日2022年3月15日
著者Jinkun Xu / Yilin He / Xiaofei Wu / Long Li /
PubMed 要旨Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) actively and selectively translocate phospholipids across membrane bilayers. Driven by ATP hydrolysis, P4-ATPases undergo conformational changes during lipid ...Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) actively and selectively translocate phospholipids across membrane bilayers. Driven by ATP hydrolysis, P4-ATPases undergo conformational changes during lipid flipping. It is unclear how the active flipping states of P4-ATPases are regulated in the lipid membranes, especially for phosphatidylcholine (PC)-flipping P4-ATPases whose substrate, PC, is a substantial component of membranes. Here, we report the cryoelectron microscopy structures of a yeast PC-flipping P4-ATPase, Dnf1, in lipid environments. In native yeast lipids, Dnf1 adopts a conformation in which the lipid flipping pathway is disrupted. Only when the lipid composition is changed can Dnf1 be captured in the active conformations that enable lipid flipping. These results suggest that, in the native membrane, Dnf1 may stay in an idle conformation that is unable to support the trans-membrane movement of lipids. Dnf1 may have altered conformational preferences in membranes with different lipid compositions.
リンクCell Rep / PubMed:35294892
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.81 Å
構造データ

30829

7drx

EMDB-30829, PDB-7drx:
Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in 90PS with beryllium fluoride (E2P state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

30833

7dsh

EMDB-30833, PDB-7dsh:
Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in 90PS with AMPPCP (E1-ATP state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

30834

7dsi

EMDB-30834, PDB-7dsi:
Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in yeast lipids with AMPPCP ( resting state )
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

31487

7f7f

EMDB-31487, PDB-7f7f:
Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in yeast lipids with beryllium fluoride (resting state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

32512

7whv

EMDB-32512, PDB-7whv:
Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in detergent with beryllium fluoride (E2P state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

32513

7whw

EMDB-32513, PDB-7whw:
Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in detergent with AMPPCP (E1-ATP state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-6PL:
(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

ChemComp-ACP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / β,γ-メチレンATP / AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードLIPID TRANSPORT / P4-ATPases

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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