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Structure paper

タイトルStructural basis for modulation of human Na1.3 by clinical drug and selective antagonist.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1286, Year 2022
掲載日2022年3月11日
著者Xiaojing Li / Feng Xu / Hao Xu / Shuli Zhang / Yiwei Gao / Hongwei Zhang / Yanli Dong / Yanchun Zheng / Bei Yang / Jianyuan Sun / Xuejun Cai Zhang / Yan Zhao / Daohua Jiang /
PubMed 要旨Voltage-gated sodium (Na) channels play fundamental roles in initiating and propagating action potentials. Na1.3 is involved in numerous physiological processes including neuronal development, ...Voltage-gated sodium (Na) channels play fundamental roles in initiating and propagating action potentials. Na1.3 is involved in numerous physiological processes including neuronal development, hormone secretion and pain perception. Here we report structures of human Na1.3/β1/β2 in complex with clinically-used drug bulleyaconitine A and selective antagonist ICA121431. Bulleyaconitine A is located around domain I-II fenestration, providing the detailed view of the site-2 neurotoxin binding site. It partially blocks ion path and expands the pore-lining helices, elucidating how the bulleyaconitine A reduces peak amplitude but improves channel open probability. In contrast, ICA121431 preferentially binds to activated domain IV voltage-sensor, consequently strengthens the Ile-Phe-Met motif binding to its receptor site, stabilizes the channel in inactivated state, revealing an allosterically inhibitory mechanism of Na channels. Our results provide structural details of distinct small-molecular modulators binding sites, elucidate molecular mechanisms of their action on Na channels and pave a way for subtype-selective therapeutic development.
リンクNat Commun / PubMed:35277491 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.35 Å
構造データ

32341

7w77

EMDB-32341, PDB-7w77:
cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

32343

7w7f

EMDB-32343, PDB-7w7f:
Cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-ICA121431
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

ChemComp-966:
[(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate

ChemComp-8DE:
2,2-diphenyl-~{N}-[4-(1,3-thiazol-2-ylsulfamoyl)phenyl]ethanamide

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / Drug / Antagonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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