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タイトルCryo-EM structures elucidate neutralizing mechanisms of anti-chikungunya human monoclonal antibodies with therapeutic activity.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 112, Issue 45, Page 13898-13903, Year 2015
掲載日2015年11月10日
著者Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / Michael S Diamond / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have been generated, the structural basis of their neutralizing activity remains poorly characterized. Here, we determined the cryo-EM structures of chikungunya virus-like particles complexed with antibody fragments (Fab) of two highly protective human mAbs, 4J21 and 5M16, that block virus fusion with host membranes. Both mAbs bind primarily to sites within the A and B domains, as well as to the B domain's β-ribbon connector of the viral glycoprotein E2. The footprints of these antibodies on the viral surface were consistent with results from loss-of-binding studies using an alanine scanning mutagenesis-based epitope mapping approach. The Fab fragments stabilized the position of the B domain relative to the virus, particularly for the complex with 5M16. This finding is consistent with a mechanism of neutralization in which anti-CHIKV mAbs that bridge the A and B domains impede movement of the B domain away from the underlying fusion loop on the E1 glycoprotein and therefore block the requisite pH-dependent fusion of viral and host membranes.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:26504196 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.047 - 16.8 Å
構造データ

EMDB-3148:
Electron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neutralizing antibody Fab 4J21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.5 Å

EMDB-3149:
Electron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neutralizing antibody Fab 5M16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.8 Å

PDB-5cgy:
Fab fragment of Chikungunya virus neutralizing human monoclonal antibody 4J21
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-5chn:
Fab fragments of chikungunya virus neutralizing human monoclonal antibody 5M16
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.047 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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