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Structure paper

タイトルStructural basis of microRNA processing by Dicer-like 1.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 7, Issue 10, Page 1389-1396, Year 2021
掲載日2021年9月30日
著者Xiaobin Wei / Huanhuan Ke / Aijia Wen / Bo Gao / Jing Shi / Yu Feng /
PubMed 要旨MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which ...MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which are subsequently cleaved by Dicer to generate mature miRNAs. Instead of being cleaved by two different enzymes, both cleavages in plants are performed by Dicer-like 1 (DCL1). With a similar domain architecture as human Dicer, it is mysterious how DCL1 recognizes pri-miRNAs and performs two cleavages sequentially. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of Arabidopsis DCL1 complexed with a pri-miRNA and a pre-miRNA, respectively, in cleavage-competent states. These structures uncover the plasticity of the PAZ domain, which is critical for the recognition of both pri-miRNA and pre-miRNA. These structures suggest that the helicase module serves as an engine that transfers the substrate between two sequential cleavage events. This study lays a foundation for dissecting the regulation mechanism of miRNA biogenesis in plants and provides insights into the dicing state of human Dicer.
リンクNat Plants / PubMed:34593993
手法EM (単粒子)
解像度4.6 - 4.9 Å
構造データ

31181

7eld

EMDB-31181, PDB-7eld:
Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL1 in complex with pri-miRNA 166f
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

31182

7ele

EMDB-31182, PDB-7ele:
Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL1 in complex with pre-miRNA 166f
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードHYDROLASE / MicroRNA / miRNA / Endonuclease / Helicase / Nuclease / RNA-binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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