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タイトルConformational flexibility and structural variability of SARS-CoV2 S protein.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 29, Issue 8, Page 834-845.e5, Year 2021
掲載日2021年8月5日
著者Ishika Pramanick / Nayanika Sengupta / Suman Mishra / Suman Pandey / Nidhi Girish / Alakta Das / Somnath Dutta /
PubMed 要旨Spike (S) glycoprotein of SARS-CoV2 exists chiefly in two conformations, open and closed. Most previous structural studies on S protein have been conducted at pH 8.0, but knowledge of the ...Spike (S) glycoprotein of SARS-CoV2 exists chiefly in two conformations, open and closed. Most previous structural studies on S protein have been conducted at pH 8.0, but knowledge of the conformational propensities under both physiological and endosomal pH conditions is important to inform vaccine development. Our current study employed single-particle cryoelectron microscopy to visualize multiple states of open and closed conformations of S protein at physiological pH 7.4 and near-physiological pH 6.5 and pH 8.0. Propensities of open and closed conformations were found to differ with pH changes, whereby around 68% of S protein exists in open conformation at pH 7.4. Furthermore, we noticed a continuous movement in the N-terminal domain, receptor-binding domain (RBD), S2 domain, and stalk domain of S protein conformations at various pH values. Several key residues involving RBD-neutralizing epitopes are differentially exposed in each conformation. This study will assist in developing novel therapeutic measures against SARS-CoV2.
リンクStructure / PubMed:33932324 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.88 - 5.76 Å
構造データ

EMDB-31092:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 6.5 with C1 Symmetry (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.75 Å

EMDB-31093:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 6.5 with C1 Symmetry (Class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-31094:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 6.5 with C1 Symmetry (Class 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.44 Å

EMDB-31095:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 6.5 with C1 Symmetry (Class 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.53 Å

EMDB-31096:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 7.4 with C1 Symmetry (Class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-31097:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 7.4 with C1 Symmetry (Class 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

EMDB-31098:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 7.4 with C3 Symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

EMDB-31099:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 8.0 with C1 Symmetry (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.76 Å

EMDB-31100:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 7.4 with C1 Symmetry (Class 9)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.34 Å

EMDB-31101:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 7.4 with C1 Symmetry (Class 8)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.47 Å

EMDB-31102:
SARS-CoV2 Spike Protein structure at pH 8.0 with C1 Symmetry (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.34 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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