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タイトルStructures of the glucocorticoid-bound adhesion receptor GPR97-G complex.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 589, Issue 7843, Page 620-626, Year 2021
掲載日2021年1月6日
著者Yu-Qi Ping / Chunyou Mao / Peng Xiao / Ru-Jia Zhao / Yi Jiang / Zhao Yang / Wen-Tao An / Dan-Dan Shen / Fan Yang / Huibing Zhang / Changxiu Qu / Qingya Shen / Caiping Tian / Zi-Jian Li / Shaolong Li / Guang-Yu Wang / Xiaona Tao / Xin Wen / Ya-Ni Zhong / Jing Yang / Fan Yi / Xiao Yu / H Eric Xu / Yan Zhang / Jin-Peng Sun /
PubMed 要旨Adhesion G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a major family of GPCRs, but limited knowledge of their ligand regulation or structure is available. Here we report that glucocorticoid stress ...Adhesion G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a major family of GPCRs, but limited knowledge of their ligand regulation or structure is available. Here we report that glucocorticoid stress hormones activate adhesion G-protein-coupled receptor G3 (ADGRG3; also known as GPR97), a prototypical adhesion GPCR. The cryo-electron microscopy structures of GPR97-G complexes bound to the anti-inflammatory drug beclomethasone or the steroid hormone cortisol revealed that glucocorticoids bind to a pocket within the transmembrane domain. The steroidal core of glucocorticoids is packed against the 'toggle switch' residue W, which senses the binding of a ligand and induces activation of the receptor. Active GPR97 uses a quaternary core and HLY motif to fasten the seven-transmembrane bundle and to mediate G protein coupling. The cytoplasmic side of GPR97 has an open cavity, where all three intracellular loops interact with the G protein, contributing to the high basal activity of GRP97. Palmitoylation at the cytosolic tail of the G protein was found to be essential for efficient engagement with GPR97 but is not observed in other solved GPCR complex structures. Our work provides a structural basis for ligand binding to the seven-transmembrane domain of an adhesion GPCR and subsequent G protein coupling.
リンクNature / PubMed:33408414
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.1 Å
構造データ

30602

7d76

EMDB-30602, PDB-7d76:
Cryo-EM structure of the beclomethasone-bound adhesion receptor GPR97-Go complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

30603

7d77

EMDB-30603, PDB-7d77:
Cryo-EM structure of the cortisol-bound adhesion receptor GPR97-Go complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-GXR:
(8~{S},9~{R},10~{S},11~{S},13~{S},14~{S},16~{S},17~{R})-9-chloranyl-10,13,16-trimethyl-11,17-bis(oxidanyl)-17-(2-oxidanylethanoyl)-6,7,8,11,12,14,15,16-octahydrocyclopenta[a]phenanthren-3-one / ベクロメタゾン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-HCY:
(11alpha,14beta)-11,17,21-trihydroxypregn-4-ene-3,20-dione / コルチゾ-ル / 薬剤, ホルモン*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / GPR97 / complex / adhesion G protein-coupled receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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