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タイトルThe landscape of translational stall sites in bacteria revealed by monosome and disome profiling.
ジャーナル・号・ページRNA, Vol. 28, Issue 3, Page 290-302, Year 2022
掲載日2021年12月14日
著者Tomoya Fujita / Takeshi Yokoyama / Mikako Shirouzu / Hideki Taguchi / Takuhiro Ito / Shintaro Iwasaki /
PubMed 要旨Ribosome pauses are associated with various cotranslational events and determine the fate of mRNAs and proteins. Thus, the identification of precise pause sites across the transcriptome is desirable; ...Ribosome pauses are associated with various cotranslational events and determine the fate of mRNAs and proteins. Thus, the identification of precise pause sites across the transcriptome is desirable; however, the landscape of ribosome pauses in bacteria remains ambiguous. Here, we harness monosome and disome (or collided ribosome) profiling strategies to survey ribosome pause sites in Compared to eukaryotes, ribosome collisions in bacteria showed remarkable differences: a low frequency of disomes at stop codons, collisions occurring immediately after 70S assembly on start codons, and shorter queues of ribosomes trailing upstream. The pause sites corresponded with the biochemical validation by integrated nascent chain profiling (iNP) to detect polypeptidyl-tRNA, an elongation intermediate. Moreover, the subset of those sites showed puromycin resistance, presenting slow peptidyl transfer. Among the identified sites, the ribosome pause at Asn586 of was validated by biochemical reporter assay, tRNA sequencing (tRNA-seq), and cryo-electron microscopy (cryo-EM) experiments. Our results provide a useful resource for ribosome stalling sites in bacteria.
リンクRNA / PubMed:34906996 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 Å
構造データ

30431

7cpj

EMDB-30431, PDB-7cpj:
ycbZ-stalled 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ILE:
ISOLEUCINE / イソロイシン

ChemComp-PRO:
PROLINE / プロリン

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli 2362-75 (大腸菌)
  • escherichia coli 113303 (大腸菌)
  • escherichia coli h420 (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia coli 907713 (大腸菌)
  • escherichia coli umea 3718-1 (大腸菌)
  • escherichia coli 2.3916 (大腸菌)
  • escherichia coli kte112 (大腸菌)
  • escherichia coli 4.0522 (大腸菌)
  • escherichia coli o7:k1 (strain iai39 / expec) (大腸菌)
  • escherichia coli o26:h11 (大腸菌)
  • escherichia coli kte73 (大腸菌)
  • escherichia coli ms 198-1 (大腸菌)
  • escherichia coli ms 117-3 (大腸菌)
  • escherichia coli hvh 87 (4-5977630) (大腸菌)
  • escherichia coli m863 (大腸菌)
  • escherichia coli 2-427-07_s4_c3 (大腸菌)
  • escherichia coli kte64 (大腸菌)
  • escherichia coli o121:h19 (大腸菌)
  • escherichia coli ta054 (大腸菌)
  • escherichia coli dec1d (大腸菌)
  • escherichia coli 3-373-03_s4_c2 (大腸菌)
  • escherichia coli 99.0741 (大腸菌)
  • escherichia coli kte75 (大腸菌)
  • escherichia coli o177 (大腸菌)
  • escherichia coli ms 84-1 (大腸菌)
  • escherichia coli g3/10 (大腸菌)
  • escherichia coli h461 (大腸菌)
  • escherichia coli 908573 (大腸菌)
キーワードANTIBIOTIC / ribosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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