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Structure paper

タイトルStructures of the scanning and engaged states of the mammalian SRP-ribosome complex.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 4, Year 2015
掲載日2015年7月9日
著者Rebecca M Voorhees / Ramanujan S Hegde /
PubMed 要旨The universally conserved signal recognition particle (SRP) is essential for the biogenesis of most integral membrane proteins. SRP scans the nascent chains of translating ribosomes, preferentially ...The universally conserved signal recognition particle (SRP) is essential for the biogenesis of most integral membrane proteins. SRP scans the nascent chains of translating ribosomes, preferentially engaging those with hydrophobic targeting signals, and delivers these ribosome-nascent chain complexes to the membrane. Here, we present structures of native mammalian SRP-ribosome complexes in the scanning and engaged states. These structures reveal the near-identical SRP architecture of these two states, show many of the SRP-ribosome interactions at atomic resolution, and suggest how the polypeptide-binding M domain selectively engages hydrophobic signals. The scanning M domain, pre-positioned at the ribosomal exit tunnel, is auto-inhibited by a C-terminal amphipathic helix occluding its hydrophobic binding groove. Upon engagement, the hydrophobic targeting signal displaces this amphipathic helix, which then acts as a protective lid over the signal. Biochemical experiments suggest how scanning and engagement are coordinated with translation elongation to minimize exposure of hydrophobic signals during membrane targeting.
リンクElife / PubMed:26158507 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.75 - 3.9 Å
構造データ

3037

3jaj

EMDB-3037: Density map of the engaged state of the mammalian SRP-ribosome complex
PDB-3jaj: Structure of the engaged state of the mammalian SRP-ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

3045

3jan

EMDB-3045: Density map of the scanning state of the mammalian SRP-ribosome complex
PDB-3jan: Structure of the scanning state of the mammalian SRP-ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-3046:
Density map of the ternary complex of SRP and eEF2 bound to the mammalian ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードRIBOSOME / mammalian / SRP / translocation / translation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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