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タイトルMolecular basis of Coxsackievirus A10 entry using the two-in-one attachment and uncoating receptor KRM1.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 117, Issue 31, Page 18711-18718, Year 2020
掲載日2020年8月4日
著者Yingzi Cui / Ruchao Peng / Hao Song / Zhou Tong / Xiao Qu / Sheng Liu / Xin Zhao / Yan Chai / Peiyi Wang / George F Gao / Jianxun Qi /
PubMed 要旨KREMEN1 (KRM1) has been identified as a functional receptor for Coxsackievirus A10 (CV-A10), a causative agent of hand-foot-and-mouth disease (HFMD), which poses a great threat to infants globally. ...KREMEN1 (KRM1) has been identified as a functional receptor for Coxsackievirus A10 (CV-A10), a causative agent of hand-foot-and-mouth disease (HFMD), which poses a great threat to infants globally. However, the underlying mechanisms for the viral entry process are not well understood. Here we determined the atomic structures of different forms of CV-A10 viral particles and its complex with KRM1 in both neutral and acidic conditions. These structures reveal that KRM1 selectively binds to the mature viral particle above the canyon of the viral protein 1 (VP1) subunit and contacts across two adjacent asymmetry units. The key residues for receptor binding are conserved among most KRM1-dependent enteroviruses, suggesting a uniform mechanism for receptor binding. Moreover, the binding of KRM1 induces the release of pocket factor, a process accelerated under acidic conditions. Further biochemical studies confirmed that receptor binding at acidic pH enabled CV-A10 virion uncoating in vitro. Taken together, these findings provide high-resolution snapshots of CV-A10 entry and identify KRM1 as a two-in-one receptor for enterovirus infection.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:32690697 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-30253, PDB-7bzn:
Cryo-EM structure of mature Coxsackievirus A10 at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-30254, PDB-7bzo:
Cryo-EM structure of mature Coxsackievirus A10 at pH 5.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-30259, PDB-7bzt:
Cryo-EM structure of mature Coxsackievirus A10 in complex with KRM1 at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-30260, PDB-7bzu:
Cryo-EM structure of mature Coxsackievirus A10 in complex with KRM1 at pH 5.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-30287, PDB-7c4t:
Cryo-EM structure of A particle Coxsackievirus A10 at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-30290, PDB-7c4w:
Cryo-EM structure of A particle Coxsackievirus A10 at pH 5.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-30291, PDB-7c4y:
Cryo-EM structure of empty Coxsackievirus A10 at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-30292, PDB-7c4z:
Cryo-EM structure of empty Coxsackievirus A10 at pH 5.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • coxsackievirus a10 (コクサッキーウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRUS / Picornavirus / Coxsackievirus A10 / pH 7.4 / mature particle / pH 5.5 / KRM1 / complex / A particle / empty particle

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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