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タイトルCryoEM structure of the tegumented capsid of Epstein-Barr virus.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 30, Issue 10, Page 873-884, Year 2020
掲載日2020年7月3日
著者Zhihai Li / Xiao Zhang / Lili Dong / Jingjing Pang / Miao Xu / Qian Zhong / Mu-Sheng Zeng / Xuekui Yu /
PubMed 要旨Epstein-Barr virus (EBV) is the primary cause of infectious mononucleosis and has been shown to be closely associated with various malignancies. Here, we present a complete atomic model of EBV, ...Epstein-Barr virus (EBV) is the primary cause of infectious mononucleosis and has been shown to be closely associated with various malignancies. Here, we present a complete atomic model of EBV, including the icosahedral capsid, the dodecameric portal and the capsid-associated tegument complex (CATC). Our in situ portal from the tegumented capsid adopts a closed conformation with its channel valve holding the terminal viral DNA and with its crown region firmly engaged by three layers of ring-like dsDNA, which, together with the penton flexibility, effectively alleviates the capsid inner pressure placed on the portal cap. In contrast, the CATCs, through binding to the flexible penton vertices in a stoichiometric manner, accurately increase the inner capsid pressure to facilitate the pressure-driven genome delivery. Together, our results provide important insights into the mechanism by which the EBV capsid, portal, packaged genome and the CATCs coordinately achieve a pressure balance to simultaneously benefit both viral genome retention and ejection.
リンクCell Res / PubMed:32620850 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 5.5 Å
構造データ

EMDB-30146:
Epstein-Barr Virus, C1 tegumented capsid reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-30152:
Epstein-Barr virus (EBV), C5 penton vertex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

30155

7bqt

EMDB-30155, PDB-7bqt:
Epstein-Barr virus, C12 portal dodecamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-30156:
Epstein-Barr virus, C1 portal vertex reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

30157

7bqx

EMDB-30157, PDB-7bqx:
Epstein-Barr virus, C5 portal vertex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

30158

7br7

EMDB-30158, PDB-7br7:
Epstein-Barr virus, C1 portal-proximal penton vertex, CATC binding
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

30159

7br8

EMDB-30159: Epstein-Barr virus, C5 penton vertex, CATC absent
PDB-7br8: Epstein-Barr virus, C5 penton vertex, CATC absent.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

30162

7bsi

EMDB-30162: Epstein-Barr virus, icosahedral tegumented capsid reconstruction
PDB-7bsi: Epstein-Barr virus, one asymmetric unit structure of the icosahedral tegumented capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

由来
  • epstein-barr virus (strain b95-8) (ヘルペスウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Epstein-Barr virus / portal dodecomer / tegumented capsid / portal vertex / CATC / portal-proximal penton vertex / CATC binding / asymmetric reconstruction / C5 penton vertex / CATC absent / VIRUS / icosahedral reconstruction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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