[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis of pH-dependent activation in a CLC transporter.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 4, Page 644-656, Year 2024
掲載日2024年1月26日
著者Eva Fortea / Sangyun Lee / Rahul Chadda / Yiorgos Argyros / Priyanka Sandal / Robyn Mahoney-Kruszka / Hatice Didar Ciftci / Maria E Falzone / Gerard Huysmans / Janice L Robertson / Olga Boudker / Alessio Accardi /
PubMed 要旨CLCs are dimeric chloride channels and anion/proton exchangers that regulate processes such as muscle contraction and endo-lysosome acidification. Common gating controls their activity; its closure ...CLCs are dimeric chloride channels and anion/proton exchangers that regulate processes such as muscle contraction and endo-lysosome acidification. Common gating controls their activity; its closure simultaneously silences both protomers, and its opening allows them to independently transport ions. Mutations affecting common gating in human CLCs cause dominant genetic disorders. The structural rearrangements underlying common gating are unknown. Here, using single-particle cryo-electron microscopy, we show that the prototypical Escherichia coli CLC-ec1 undergoes large-scale rearrangements in activating conditions. The slow, pH-dependent remodeling of the dimer interface leads to the concerted opening of the intracellular H pathways and is required for transport. The more frequent formation of short water wires in the open H pathway enables Cl pore openings. Mutations at disease-causing sites favor CLC-ec1 activation and accelerate common gate opening in the human CLC-7 exchanger. We suggest that the pH activation mechanism of CLC-ec1 is related to the common gating of CLC-7.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38279055
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.5 Å
構造データ

29883

8ga0

EMDB-29883, PDB-8ga0:
CLC-ec1 E202Y at pH 4.5 100mM Cl Turn
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

29884

8ga1

EMDB-29884, PDB-8ga1:
CLC-ec1 R230C/L249C/C85A at pH 4.5 100mM Cl Swap
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

29885

8ga3

EMDB-29885, PDB-8ga3:
CLC-ec1 R230C/L249C/C85A at pH 4.5 100mM Cl Turn
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

29890

8ga5

EMDB-29890, PDB-8ga5:
CLC-ec1 L25C/A450C/C85A at pH 4.5 100mM Cl Intermediate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

29899

8gah

EMDB-29899, PDB-8gah:
CLC-ec1 L25C/A450C/C85A at pH 4.5 100mM Cl Twist
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLC-ec1 / ecCLC / eriC / CLC transporter / chloride proton antiporter

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る