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タイトルCryoEM structure of a post-assembly MS-ring reveals plasticity in stoichiometry and conformation.
ジャーナル・号・ページPLoS One, Vol. 18, Issue 5, Page e0285343, Year 2023
掲載日2023年5月19日
著者Prashant K Singh / Gary Cecchini / Terunaga Nakagawa / T M Iverson /
PubMed 要旨The flagellar motor supports bacterial chemotaxis, a process that allows bacteria to move in response to their environment. A central feature of this motor is the MS-ring, which is composed entirely ...The flagellar motor supports bacterial chemotaxis, a process that allows bacteria to move in response to their environment. A central feature of this motor is the MS-ring, which is composed entirely of repeats of the FliF subunit. This MS-ring is critical for the assembly and stability of the flagellar switch and the entire flagellum. Despite multiple independent cryoEM structures of the MS-ring, there remains a debate about the stoichiometry and organization of the ring-building motifs (RBMs). Here, we report the cryoEM structure of a Salmonella MS-ring that was purified from the assembled flagellar switch complex (MSC-ring). We term this the 'post-assembly' state. Using 2D class averages, we show that under these conditions, the post-assembly MS-ring can contain 32, 33, or 34 FliF subunits, with 33 being the most common. RBM3 has a single location with C32, C33, or C34 symmetry. RBM2 is found in two locations with RBM2inner having C21 or C22 symmetry and an RBM2outer-RBM1 having C11 symmetry. Comparison to previously reported structures identifies several differences. Most strikingly, we find that the membrane domain forms 11 regions of discrete density at the base of the structure rather than a contiguous ring, although density could not be unambiguously interpreted. We further find density in some previously unresolved areas, and we assigned amino acids to those regions. Finally, we find differences in interdomain angles in RBM3 that affect the diameter of the ring. Together, these investigations support a model of the flagellum with structural plasticity, which may be important for flagellar assembly and function.
リンクPLoS One / PubMed:37205674 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.1 Å
構造データ

29424

8fte

EMDB-29424, PDB-8fte:
CryoEM strucutre of 22-mer RBM2 of the Salmonella MS-ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

29425

8ftf

EMDB-29425: CryoEM map of 33-mer RBM3 of the Salmonella MS-ring
PDB-8ftf: CryoEM strucutre of 33-mer RBM3 of the Salmonella MS-ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-29427: CryoEM map of 32-mer RBM3 of the Salmonella MS-ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-29429: CryoEM map of 34-mer RBM3 of the Salmonella MS-ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-29437: CryoEM map of 21-mer RBM2 of the Salmonella MS-ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-29441: C11 symmetry applied MS-ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードMOTOR PROTEIN / flagellar / 22-fold / ring-building motif / MS-ring / FliF / 33-fold

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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