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タイトルMolecular choreography of primer synthesis by the eukaryotic Pol α-primase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 3697, Year 2023
掲載日2023年6月21日
著者Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
PubMed 要旨The eukaryotic polymerase α (Pol α) synthesizes an RNA-DNA hybrid primer of 20-30 nucleotides. Pol α is composed of Pol1, Pol12, Primase 1 (Pri1), and Pri2. Pol1 and Pri1 contain the DNA ...The eukaryotic polymerase α (Pol α) synthesizes an RNA-DNA hybrid primer of 20-30 nucleotides. Pol α is composed of Pol1, Pol12, Primase 1 (Pri1), and Pri2. Pol1 and Pri1 contain the DNA polymerase and RNA primase activities, respectively. It has been unclear how Pol α hands over an RNA primer from Pri1 to Pol1 for DNA primer extension, and how the primer length is defined. Here we report the cryo-EM analysis of yeast Pol α in the apo, primer initiation, primer elongation, RNA primer hand-off from Pri1 to Pol1, and DNA extension states, revealing a series of very large movements. We reveal a critical point at which Pol1-core moves to take over the 3'-end of the RNA from Pri1. DNA extension is limited by a spiral motion of Pol1-core. Since both Pri1 and Pol1-core are flexibly attached to a stable platform, primer growth produces stress that limits the primer length.
リンクNat Commun / PubMed:37344454 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.56 - 5.6 Å
構造データ

EMDB-29345, PDB-8foc:
Cryo-EM structure of S. cerevisiae DNA polymerase alpha-primase in Apo state conformation I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-29346, PDB-8fod:
Cryo-EM structure of S. cerevisiae DNA polymerase alpha-primase complex in Apo state conformation II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-29347, PDB-8foe:
Cryo-EM structure of S. cerevisiae DNA polymerase alpha-primase complex bound to a template DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-29349, PDB-8foh:
Cryo-EM structure of S. cerevisiae DNA polymerase alpha-primase complex in the RNA synthesis state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-29351, PDB-8foj:
Cryo-EM structure of S. cerevisiae DNA polymerase alpha-primase complex in the post RNA handoff state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-29352, PDB-8fok:
Cryo-EM structure of S. cerevisiae DNA polymerase alpha-primase complex in the DNA elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase / primase / DNA replication

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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