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Structure paper

タイトルStructural basis for Caαδ:gabapentin binding.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 6, Page 735-739, Year 2023
掲載日2023年3月27日
著者Zhou Chen / Abhisek Mondal / Daniel L Minor /
PubMed 要旨Gabapentinoid drugs for pain and anxiety act on the Caαδ-1 and Caαδ-2 subunits of high-voltage-activated calcium channels (Ca1s and Ca2s). Here we present the cryo-EM structure of the gabapentin- ...Gabapentinoid drugs for pain and anxiety act on the Caαδ-1 and Caαδ-2 subunits of high-voltage-activated calcium channels (Ca1s and Ca2s). Here we present the cryo-EM structure of the gabapentin-bound brain and cardiac Ca1.2/Caβ/Caαδ-1 channel. The data reveal a binding pocket in the Caαδ-1 dCache1 domain that completely encapsulates gabapentin and define Caαδ isoform sequence variations that explain the gabapentin binding selectivity of Caαδ-1 and Caαδ-2.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:36973510 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 Å
構造データ

29004

8fd7

EMDB-29004, PDB-8fd7:
Structure of the human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 complexed with gabapentin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-29006: human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN detergent at 3.1 Angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-29007: Human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 complexed with gabapentin (Segment Map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-29015: Structure of the human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 complexed with gabapentin (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-GBN:
[1-(AMINOMETHYL)CYCLOHEXYL]ACETIC ACID / ガバペンチン / 薬剤*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-WO9:
(2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(dodecanoyloxy)propyl heptadecanoate

ChemComp-YSW:
(2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(dodecanoyloxy)propyl dodecanoate / りん酸水素(2-アミノエチル)[(S)-2,3-ジ(ドデカノイルオキシ)プロピル]

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / voltage-gated calcium channel / CaV alpha2delta / drug binding / gabapentin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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