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タイトルBroad SARS-CoV-2 neutralization by monoclonal and bispecific antibodies derived from a Gamma-infected individual.
ジャーナル・号・ページiScience, Vol. 26, Issue 10, Page 108009, Year 2023
掲載日2023年10月20日
著者Denise Guerra / Tim Beaumont / Laura Radić / Gius Kerster / Karlijn van der Straten / Meng Yuan / Jonathan L Torres / Wen-Hsin Lee / Hejun Liu / Meliawati Poniman / Ilja Bontjer / Judith A Burger / Mathieu Claireaux / Tom G Caniels / Jonne L Snitselaar / Tom P L Bijl / Sabine Kruijer / Gabriel Ozorowski / David Gideonse / Kwinten Sliepen / Andrew B Ward / Dirk Eggink / Godelieve J de Bree / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Marit J van Gils /
PubMed 要旨The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has remained a medical threat due to the evolution of multiple variants that acquire resistance to vaccines and ...The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has remained a medical threat due to the evolution of multiple variants that acquire resistance to vaccines and prior infection. Therefore, it is imperative to discover monoclonal antibodies (mAbs) that neutralize a broad range of SARS-CoV-2 variants. A stabilized spike glycoprotein was used to enrich antigen-specific B cells from an individual with a primary Gamma variant infection. Five mAbs selected from those B cells showed considerable neutralizing potency against multiple variants, with COVA309-35 being the most potent against the autologous virus, as well as Omicron BA.1 and BA.2, and COVA309-22 having binding and neutralization activity against Omicron BA.4/5, BQ.1.1, and XBB.1. When combining the COVA309 mAbs as cocktails or bispecific antibodies, the breadth and potency were improved. In addition, the mechanism of cross-neutralization of the COVA309 mAbs was elucidated by structural analysis. Altogether these data indicate that a Gamma-infected individual can develop broadly neutralizing antibodies.
リンクiScience / PubMed:37841584 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.7 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-28850: SARS-CoV-2 Gamma 6P Mut7 S + COVA309-3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28851: SARS-CoV-2 Gamma 6P Mut7 S + COVA309-10 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28852: SARS-CoV-2 Omicron 6P S + COVA309-35 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28853: SARS-CoV-2 Gamma 6P Mut7 + S COVA309-38 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

PDB-8f0i:
Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with human antibody COVA309-22
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / SARS-CoV-2 / coronavirus / RBD / COVID-19 / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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